Edman Degradation

Andrey K

26 Jul 201408:17

Summary

TLDREn este video, se discuten dos métodos clave para determinar la secuencia de aminoácidos en las proteínas: la degradación de Sanger y la degradación de Edman. La degradación de Sanger permite identificar solo el primer aminoácido, mientras que la degradación de Edman ofrece un enfoque más eficiente y controlado que no descompone completamente la proteína, permitiendo la identificación secuencial de aminoácidos. A través de una serie de reacciones químicas, la degradación de Edman utiliza isotiocianato de fenilo para etiquetar y liberar aminoácidos, facilitando así el análisis de la secuencia de péptidos de 20 a 30 aminoácidos.

Takeaways

😀 La degradación de Sanger solo permite determinar el primer aminoácido en una secuencia proteica.
😀 La degradación de Edman es más útil porque permite identificar varios aminoácidos en una secuencia sin descomponer la proteína en aminoácidos individuales.
😀 En la degradación de Edman, se utiliza el isotiocianato de fenilo para etiquetar el primer aminoácido de la cadena.
😀 El proceso de degradación de Edman involucra la ruptura controlada de enlaces peptídicos, permitiendo el análisis secuencial.
😀 Al protonar el oxígeno carbonílico del primer aminoácido, se inicia una reacción que forma un anillo de cinco miembros.
😀 Se utiliza una base para desprotonar el nitrógeno y facilitar la ruptura del enlace peptídico, liberando un dipeptídico.
😀 La liberación del dipeptídico permite realizar reacciones adicionales para identificar aminoácidos subsiguientes.
😀 La hidroólisis del dipeptídico permite analizar el grupo lateral del primer aminoácido, lo que facilita su identificación.
😀 La degradación de Edman se puede repetir para identificar la secuencia completa de aminoácidos en un péptido.
😀 La capacidad de identificar múltiples aminoácidos hace que la degradación de Edman sea superior a la degradación de Sanger en el análisis de proteínas.

Q & A

¿Cuál es el propósito de la degradación de Sanger?
-La degradación de Sanger permite determinar el primer aminoácido en la secuencia de una proteína.
¿Por qué la degradación de Sanger no es suficiente para determinar toda la secuencia de aminoácidos?
-La degradación de Sanger hidróliza la proteína en sus aminoácidos constituyentes, lo que impide identificar la posición de los aminoácidos restantes.
¿Qué es la degradación de Edman?
-La degradación de Edman es un método que permite la cleavación controlada y secuencial de aminoácidos, sin romper toda la proteína.
¿Cuántos aminoácidos puede analizar efectivamente la degradación de Edman?
-La degradación de Edman es efectiva en péptidos que consisten de 20 a 30 aminoácidos.
¿Qué molécula se utiliza en la degradación de Edman para romper el primer enlace peptídico?
-Se utiliza el isotiocianato de fenilo para romper el primer enlace peptídico entre el primer y segundo aminoácido.
¿Qué sucede con el primer aminoácido durante la degradación de Edman?
-El primer aminoácido se etiqueta y se separa del péptido mediante una reacción intramolecular que forma un anillo de cinco miembros.
¿Cómo se utiliza el dipeptido formado en el proceso de degradación de Edman?
-El dipeptido se puede analizar en una nueva degradación de Edman para determinar los aminoácidos en posiciones subsiguientes.
¿Qué papel juegan los ácidos en la degradación de Edman?
-Los ácidos se utilizan para protonar grupos funcionales, facilitando así las reacciones químicas necesarias para identificar aminoácidos.
¿Cómo se determina el aminoácido número uno en la secuencia?
-Una vez que se identifica el grupo lateral (R1) del primer aminoácido, se puede determinar qué aminoácido es.
¿Por qué la degradación de Edman es preferible a la degradación de Sanger?
-La degradación de Edman permite determinar secuencialmente los aminoácidos sin romper completamente la proteína, lo que resulta en una identificación más completa de la secuencia.