Genomic Masterclass Part II: Showcasing the Use of Genomics in Discovering Biocontrol for the FAW

Summary

B, technicien de recherche à Cesaro en Australie, présente son travail sur l'identification d'agents de lutte biologique à l'aide de la génomique. Elle explique comment utiliser des logiciels comme AntiSMASH pour analyser les génomes de champignons et de bactéries, afin d'identifier des composés bioactifs et des toxines, telles que les toxines BT. Elle met en lumière l'importance de la génomique pour comprendre les agents de contrôle biologique et leurs propriétés, tout en soulignant la nécessité d'étudier les risques potentiels de substances dangereuses. Les prochaines étapes incluent l'expression de protéines en laboratoire pour tester leur efficacité contre les nuisibles.

Takeaways

• 😀 L'importance de la génomique pour identifier les agents de lutte biologique et les composés bioactifs.
• 😀 L'utilisation du logiciel AntiSMASH pour identifier les clusters de gènes de biosynthèse dans les génomes de champignons et de bactéries.
• 😀 Les étapes traditionnelles de la recherche d'agents de lutte biologique incluent l'isolement de souches efficaces et leur test contre les ravageurs.
• 😀 L'outil AntiSMASH permet d'analyser les génomes en identifiant les clusters de gènes, y compris les clusters connus et inconnus.
• 😀 La comparaison des résultats AntiSMASH avec les bases de données permet d'identifier des clusters de gènes potentiellement bioactifs, comme les toxines BT.
• 😀 Un exemple de recherche a révélé que la souche M0121 de Metarhizium était très efficace contre le Fourmi de la Moule, avec un cluster intéressant lié à des propriétés insecticides.
• 😀 La génomique peut également aider à identifier des métabolites potentiellement nuisibles pour les mammifères, permettant de les éviter dans les agents de lutte biologique.
• 😀 L'analyse des gènes de toxines BT a révélé que certaines séquences pourraient correspondre à de nouvelles toxines, ce qui nécessite des recherches supplémentaires.
• 😀 Les résultats suggèrent que certaines toxines de Bacillus thuringiensis pourraient être plus efficaces contre certains ravageurs, mais qu'il faut encore les valider.
• 😀 Le projet a mis en évidence l'importance de la collaboration régionale pour développer des solutions locales adaptées à la lutte biologique et à l'utilisation de la génomique.

Q & A

Quel est le sujet principal de la présentation de B ?

La présentation de B se concentre sur l'utilisation des génomiques pour identifier des agents de contrôle biologique et des composés bioactifs potentiels, en particulier pour la lutte contre les ravageurs à l'aide de champignons et de bactéries.

Quels agents de contrôle biologique B a-t-elle étudiés dans son projet ?

B a étudié des agents de contrôle biologique endémiques de l'Australie et de la Nouvelle-Zélande, tels que des champignons anore pyogènes et Bacillus thuringiensis (BT).

Quelle méthode traditionnelle est utilisée pour identifier les candidats au contrôle biologique ?

La méthode traditionnelle consiste à isoler des champignons ou des bactéries, à les tester sur des ravageurs et à observer leur efficacité. Cela permet de sélectionner les isolats les plus efficaces pour un développement ultérieur.

Comment B utilise-t-elle les données génomiques pour identifier des agents de contrôle biologique ?

B utilise des logiciels comme AntiSMASH pour analyser les génomes et identifier des clusters de gènes associés à la biosynthèse de métabolites secondaires, ce qui peut aider à repérer des composés bioactifs potentiels.

Qu'est-ce qu'AntiSMASH et comment fonctionne-t-il ?

AntiSMASH est un logiciel qui permet d'analyser les génomes pour détecter des clusters de gènes impliqués dans la biosynthèse de métabolites secondaires. Il peut être exécuté localement ou via un site Web, et il génère des résultats montrant la localisation des clusters de gènes.

Pourquoi les résultats d'AntiSMASH peuvent ne pas être parfaits et nécessitent-ils une validation ?

Les annotations génomiques ne sont souvent pas parfaites, et il est courant de devoir valider les résultats en utilisant des outils supplémentaires, comme le BLAST, pour confirmer les identifications des gènes.

Quel est l'exemple de résultat intéressant trouvé dans le projet de B ?

Un exemple intéressant est la découverte d'un cluster génétique dans un isolat de Metarhizium qui pourrait produire des insecticides, ainsi qu'un autre cluster qui pourrait avoir des propriétés anticancéreuses.

Quelles précautions B mentionne-t-elle concernant les agents de contrôle biologique ?

B souligne qu'il est crucial de s'assurer que les agents de contrôle biologique ne produisent pas de substances toxiques pour les mammifères ou d'autres espèces non ciblées. Les génomes peuvent révéler des risques potentiels.

Quels sont les résultats concernant Bacillus thuringiensis (BT) dans le projet de B ?

B a trouvé que la plupart des souches de Bacillus thuringiensis testées produisaient des toxines déjà connues, mais une souche a révélé la présence de nouvelles séquences de toxines qui pourraient être plus efficaces contre certains ravageurs.

Quelles sont les prochaines étapes pour B après la fin de ce projet ?

Les prochaines étapes pour B incluent l'expression des toxines potentielles dans des bactéries comme E. coli et l'évaluation de leur efficacité contre des ravageurs, notamment les vers à soie.