ImageJ Analysis: Length Measurement, Area Measurement and Thresholding

Summary

In diesem technischen Tutorial von Team SMS wird demonstriert, wie man die Software ImageJ zur Analyse von Abständen und Flächen verwendet. Die Anleitung umfasst die grundlegenden Schritte, wie das Öffnen und Kalibrieren von Bildern, das Messen der Interpartikeldistanzen und das Berechnen von Flächen mit den Methoden der Schwellenwertanalyse und der manuellen Auswahl. Der Tutor erklärt auch, wie man Ergebnisse in Excel exportiert und visuell darstellt. ImageJ, eine quelloffene Software, bietet zahlreiche Möglichkeiten zur Bildbearbeitung und ist ein unverzichtbares Werkzeug für die wissenschaftliche Gemeinschaft.

Takeaways

• 😀 ImageJ ist ein Open-Source-Programm zur Bildverarbeitung, das von den National Institutes of Health entwickelt wurde.
• 📂 Für grundlegende Analysen wird die einfache Version von ImageJ empfohlen; für erweiterte Funktionen kann Fiji verwendet werden.
• 🔄 Um eine Bildanalyse durchzuführen, muss das Bild in den 8-Bit-Modus konvertiert werden.
• 📏 Die Kalibrierung des Bildes ist notwendig, um die Maßstäbe festzulegen; dies erfolgt über das Zeichnen einer Linie über die Skala.
• 🔍 Zur Messung der Interpartikeldistanzen wird die Linienzeichentool verwendet, um den Abstand zwischen den Partikelzentren zu bestimmen.
• 📊 Mehrere Messungen können mit den Shortcuts Ctrl + M (messen) und Ctrl + F (füllen) effizient durchgeführt werden.
• 🟡 Zur Flächenmessung kann das Schwellenwertverfahren (Thresholding) oder manuelle Auswahl verwendet werden.
• 🗂️ Bei der Partikelanalyse kann die Größe, Zirkularität und andere Parameter festgelegt werden, um spezifische Partikel zu berücksichtigen.
• 📈 Ergebnisse können in Excel exportiert werden, um Durchschnittswerte und Standardabweichungen zu berechnen.
• ⚙️ Verschiedene Bildbearbeitungsfunktionen, wie Glättung und Filterung, können angewendet werden, um die Bildqualität zu verbessern.

Q & A

Was ist ImageJ und wofür wird es verwendet?

ImageJ ist ein quelloffenes Bildverarbeitungsprogramm, das häufig in der wissenschaftlichen Gemeinschaft verwendet wird, um Abstände und Flächen in Bildern zu analysieren.

Woher stammt die Software ImageJ?

ImageJ wurde am National Institutes of Health (NIH) entwickelt.

Was ist der Unterschied zwischen der grundlegenden Version von ImageJ und Fiji?

Die grundlegende Version von ImageJ bietet eine minimale Anzahl von Plugins für grundlegende Analysen, während Fiji eine erweiterte Version ist, die viele zusätzliche Plugins enthält.

Wie konvertiert man ein Bild in den 8-Bit-Modus in ImageJ?

Um ein Bild in den 8-Bit-Modus zu konvertieren, geht man zu 'Image' -> 'Type' und klickt auf '8-Bit'.

Warum ist es wichtig, die Skalierung eines Bildes in ImageJ einzustellen?

Die Skalierung eines Bildes muss eingestellt werden, damit das System die tatsächlichen Maße der analysierten Objekte kennt.

Wie misst man den Abstand zwischen zwei Partikeln in ImageJ?

Man zeichnet eine gerade Linie zwischen den Mittelpunkten der beiden Partikel und verwendet dann 'Analyze' -> 'Measure', um den Abstand zu bestimmen.

Was ist der Zweck des Füllens von Linien, während man Abstände misst?

Das Füllen von Linien hilft, bereits gemessene Abstände zu kennzeichnen, um Doppelzählungen zu vermeiden.

Wie führt man eine Flächenmessung mit Schwellenwerten in ImageJ durch?

Man wählt den spezifischen Bereich des Bildes aus, dupliziert ihn, passt die Schwellenwerte an, um die gewünschten Partikel zu isolieren, und verwendet dann 'Analyze' -> 'Analyze Particles'.

Was sind die wichtigen Parameter, die bei der Analyse von Partikeln in ImageJ eingestellt werden können?

Zu den wichtigen Parametern gehören 'Größe', 'Zirkularität' und die Optionen zur Anzeige der Ergebnisse.

Welche Schritte sind erforderlich, um manuell die Fläche eines Partikels in ImageJ zu messen?

Man wählt den Bereich um den Partikel mit dem Freihand-Werkzeug aus, misst die Fläche mit 'Analyze' -> 'Measure' und füllt das Ergebnis aus, um zukünftige Doppelzählungen zu vermeiden.