Tutorial de Docking Molecular con Autodock : Proteina - Ligando

Genetifics

3 Apr 202415:42

Summary

TLDREste video es una guía práctica sobre cómo realizar un docking molecular utilizando la proteína Spike del SARS-CoV-2. Se detallan tres programas: MGL Tools, Autodock y un visualizador. El tutorial cubre desde la descarga de las estructuras PDB de la base de datos RCB, la preparación del ligando en formato PDB, hasta la ejecución del docking molecular. Además, explica cómo configurar el entorno y ajustar parámetros como las cajas de interacción y algoritmos genéticos. También se mencionan recursos adicionales, como libros y enlaces a Github y Discord, para profundizar en el tema.

Takeaways

💻 En la guía se presentan tres programas útiles para realizar docking molecular: MGL Tools, Autodock y GrapeDock.
🧬 El docking molecular se realiza utilizando la proteína Spike del virus SARS-CoV-2, clave en la pandemia para la creación de fármacos y vacunas.
🔬 La proteína Spike se descarga de la base de datos PDB y debe estar en formato .pdb para su uso en el análisis.
💊 El ligando, que puede ser un fármaco potencial, se convierte del formato .sif a .pdb para realizar el docking molecular.
⚙️ Es importante ajustar y seleccionar correctamente la resolución de las proteínas y eliminar cualquier molécula de agua para evitar errores.
🧪 Las interacciones entre el ligando y la proteína Spike se analizan dentro de una caja delimitada donde ocurren las interacciones moleculares.
🔋 El docking molecular utiliza algoritmos genéticos para buscar soluciones óptimas y predicciones sobre cómo el ligando interactuará con la proteína.
📈 Se generan varios modelos conformacionales, y las interacciones más estables tienen la energía más baja.
🛠️ El programa Autodock permite visualizar las interacciones entre el ligando y la proteína, y comparar diferentes conformaciones posibles.
❓ Se recomienda seguir el canal de YouTube y GitHub del autor para más recursos, y unirse al grupo de Discord para talleres quincenales.

Q & A

¿Qué programas se mencionan en el video para realizar el docking molecular?
-Los programas mencionados son MGL Tools, Autogrid, Autodock y PyMOL.
¿Qué proteína se utiliza como ejemplo en el video para realizar el docking molecular?
-La proteína utilizada como ejemplo es la proteína Spike del virus SARS-CoV-2.
¿De dónde se puede descargar la estructura de la proteína Spike?
-La estructura de la proteína Spike se puede descargar de la base de datos RCSB PDB en formato PDB.
¿Qué formato de archivo se utiliza para el ligando en el docking molecular?
-El ligando debe estar en formato SDF, pero se convierte al formato PDB antes de importarlo al programa de docking molecular.
¿Qué es necesario hacer antes de realizar el docking molecular con la proteína Spike?
-Es necesario preparar la proteína eliminando moléculas de agua, agregando átomos de hidrógeno polares y equilibrando las cargas antes de proceder al docking.
¿Qué algoritmo de búsqueda se utiliza en el docking molecular en este caso?
-Se utiliza un algoritmo genético, que es un método común para buscar soluciones aproximadas en este tipo de simulaciones.
¿Cuál es el formato de salida generado por Autodock después de realizar el docking?
-El formato de salida generado por Autodock es el archivo DLG, que contiene información sobre las energías y conformaciones de los modelos generados.
¿Cómo se visualizan las interacciones entre el ligando y la proteína después de realizar el docking?
-Las interacciones se visualizan usando el menú 'Analyze' en Autodock, donde se pueden ver los 10 modelos conformacionales con las interacciones ligando-receptor.
¿Qué parámetros se pueden ajustar en el docking molecular?
-Se pueden ajustar parámetros como la caja de interacción (grid box), el tipo de resolución, la población inicial, el número de corridas y las generaciones.
¿Cómo se determina la ubicación de las interacciones en la caja de docking?
-La ubicación de las interacciones se determina basándose en la literatura, donde se mencionan átomos específicos, como el Q498, donde ocurre la interacción entre el RBD y el receptor AC2.