The Beginner's Guide to RNA-Seq - #ResearchersAtWork Webinar Series

Summary

El webinar presenta una introducción a RNA-seq, una técnica avanzada para estudiar la expresión génica a través de la secuenciación de alta capacidad. Cubre desde conceptos básicos hasta el diseño de experimentos, análisis y interpretación de datos. Se destaca la importancia de la normalización de datos y se mencionan estudios significativos que han utilizado RNA-seq, como el Proyecto Cancer Genome Atlas. Además, se ofrece un descuento promocional y se invita a la audiencia a participar en la sección de preguntas y respuestas.

Takeaways

• 📘 El webinar comenzó con una introducción a RNA-seq para aquellos recién llegados, enfocándose en el uso constante y sistemático de los productos y servicios de la empresa.
• 🌐 Se compartieron detalles sobre cómo, tras el webinar, se proporcionarían diapositivas y grabaciones para los asistentes, y se señaló la importancia de registrarse para recibir esta información.
• 🔬 Se presentó a los oradores, Dr. Christopher y Battery, expertos en aplicaciones científicas y desarrollo de productos con experiencia en áreas como la biología celular y la terapia génica.
• 🏢 Se habló sobre Applied Biological Materials (ABM), fundada en 2004, con sede en Vancouver, Canadá, y su misión de catalizar descubrimientos científicos en la vida y el desarrollo de medicamentos.
• 📈 Se mencionó el crecimiento de ABM y sus instalaciones, destacando su compromiso de ofrecer un servicio de clase mundial a sus clientes.
• 🧬 Se exploraron los antecedentes de RNA-seq, desde el northern blot en 1977 hasta el desarrollo de microarrays y la aparición de RNA-seq, que permite la detección de ARN y el estudio de la expresión génica.
• 🔍 Se discutieron las ventajas de RNA-seq, como la alta resolución y la capacidad de secuenciar transcriptomas nuevos sin datos previos, en comparación con métodos anteriores.
• 🧬 Se abordó la importancia de la selección de ARN en la preparación de la muestra para RNA-seq, ya sea a través de enriquecimiento de ARN poli-A o la eliminación de ARN ribosomal.
• 🔬 Se explicó el flujo de trabajo general de RNA-seq, incluyendo la preparación de la librería, la PCR de enlace, la secuenciación por síntesis y el análisis de datos.
• 📊 Se mencionaron las técnicas de análisis y normalización de datos RNA-seq, como el uso de fragments por kilobase de transcripto por millones de lecturas mapeadas (FPKM) para comparar niveles de expresión genética.
• 🌟 Se destacaron estudios como ENCODE y el Cancer Genome Atlas Project, que han utilizado RNA-seq para entender mejor los mecanismos subyacentes de la enfermedad y el cáncer.
• 💡 Se ofreció un código promocional del 25% de descuento en el paquete de bioinformática de secuenciación de ARN y se invitó a los asistentes a contactar a ABM para obtener más recursos y soporte técnico.

Q & A

¿Qué es RNA-seq y cómo se relaciona con la regulación de la expresión génica?

RNA-seq es una técnica que permite identificar y cuantificar la expresión deARN en una muestra biológica en un momento dado, lo que permite investigar los cambios en la expresión génica y detectar eventos de esplicación alternativa y nuevos genes.

¿Qué es el propósito de los webinars de Applied Biological Materials (ABM)?

Los webinars de ABM están diseñados para proporcionar capacitación constante y sistemática que ayuda a mantener a los participantes informados sobre los productos y servicios de la empresa.

¿Qué áreas de investigación tiene experiencia Christopher, el especialista en aplicaciones científicas de ABM?

Christopher tiene casi 10 años de experiencia en investigación y diseño experimental con investigadores de todo el mundo en áreas que van desde la biología celular y el desarrollo hasta la validación de CRISPR y la ingeniería de líneas celulares.

¿Qué es el propósito de la sesión de preguntas y respuestas al final del webinar?

La sesión de preguntas y respuestas permite a los participantes hacer preguntas relacionadas con el contenido del webinar y recibir respuestas directas de los expertos para aclarar dudas y obtener información adicional.

¿Cuál es la importancia de la normalización de datos en el análisis de RNA-seq?

La normalización de datos es crucial para ajustar las diferencias en la cantidad de lecturas por muestra y por gen, lo que permite comparar la expresión génica de manera justa y precisa entre muestras y condiciones experimentales distintas.

¿Qué es FPKM y cómo ayuda a normalizar los datos de RNA-seq?

FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads) es una métrica que ayuda a normalizar los datos de RNA-seq, considerando la cantidad de fragmentos de cDNA y la longitud del gen, para estimar la expresión génica de manera relativa.

¿Cómo se realiza la selección de ARN mensajero (mRNA) durante la preparación de la muestra para RNA-seq?

La selección de mRNA se puede realizar a través de la enriquecimiento con polia (poly A enrichment) o la eliminación de ARN ribosomal (rRNA depletion), dependiendo de los objetivos del estudio y el tipo de muestra.

¿Qué es la profundidad de secuenciación y por qué es importante en RNA-seq?

La profundidad de secuenciación se refiere a la cantidad total de lecturas de ARN que se obtienen en un experimento RNA-seq. Es importante porque determina la cantidad de información que se puede obtener sobre la expresión génica y la calidad de los resultados.

¿Qué es el Proyecto Genoma Atlas del Cáncer y cómo ha utilizado RNA-seq en sus investigaciones?

El Proyecto Genoma Atlas del Cáncer es un esfuerzo para analizar miles de muestras de pacientes con cáncer utilizando RNA-seq, con el objetivo de entender mejor los mecanismos subyacentes de la transformación y progresión del cáncer.

¿Cómo se puede utilizar RNA-seq en la medicina personalizada y qué impacto puede tener en las enfermedades genéticas?

RNA-seq puede ampliar el trabajo en medicina personalizada al proporcionar información detallada sobre la expresión génica y la regulación en respuesta a diferentes condiciones y tratamientos, lo que puede tener un impacto significativo en el diagnóstico y el tratamiento de enfermedades genéticas.