HMDB (The Human Metabolome Database) Tutorial: Browse & Search Metabolites

Summary

Este tutorial proporciona una introducción completa sobre cómo navegar y utilizar la base de datos HMDB (Human Metabolome Database). Se explica cómo buscar y explorar más de 40,000 metabolitos humanos mediante varias herramientas de búsqueda, como búsqueda por estructura química, peso molecular, secuencias y espectros. Además, se detallan las diferentes secciones de los registros de metabolitos, que incluyen identificación, propiedades físicas, espectros, y su papel en la biología humana. Este recurso es esencial para la investigación avanzada en metabolómica y el estudio de las enfermedades humanas.

Takeaways

• 😀 HNTB, o Base de Datos de Metabolitos Humanos, es un recurso en línea que contiene más de 40,000 metabolitos humanos conocidos.
• 😀 Los metabolitos son pequeñas moléculas como aminoácidos, ácidos orgánicos y azúcares, con un peso molecular inferior a 1,500 Da.
• 😀 HNTB ofrece información detallada, como nombres químicos, estructuras moleculares, descripciones de compuestos, y concentraciones biológicas.
• 😀 El sitio web de HNTB tiene cinco pestañas principales: Buscar, Navegar, Descargas, Acerca de, y Contáctanos.
• 😀 En la pestaña Navegar, los usuarios pueden explorar los metabolitos a través de diferentes categorías, aplicando filtros y extrayendo datos.
• 😀 La barra de búsqueda en la parte superior derecha permite realizar búsquedas rápidas por metabolitos, enfermedades, rutas metabólicas, proteínas y reacciones.
• 😀 En la pestaña Buscar, es posible realizar búsquedas detalladas utilizando diferentes herramientas como la búsqueda por estructura química o peso molecular.
• 😀 La búsqueda por SMILES permite ingresar fácilmente estructuras moleculares utilizando una notación simplificada.
• 😀 HNTB permite realizar búsquedas avanzadas, como búsquedas espectrales para espectrometría de masas y espectroscopía de RMN.
• 😀 Cada entrada en la base de datos HNTB contiene múltiples secciones de datos, que incluyen identificación, propiedades físicas, espectros, propiedades biológicas y referencias.
• 😀 El sitio web de HNTB está diseñado principalmente para apoyar la investigación avanzada en metabolómica y la interpretación de roles biológicos de metabolitos en salud y enfermedad.

Q & A

¿Qué es HNTB y qué tipo de información ofrece?

HNTB (Human Metabolome Database) es un recurso en línea que proporciona información sobre más de 40,000 metabolitos humanos conocidos. Ofrece datos como nombres químicos, estructuras moleculares, espectroscopía, reacciones químicas, concentraciones biológicas, y más.

¿Cuáles son algunos ejemplos de metabolitos humanos?

Algunos ejemplos de metabolitos humanos incluyen aminoácidos, ácidos orgánicos y azúcares, que son moléculas pequeñas con un peso molecular generalmente menor a 1,500 Dalton.

¿Cómo se navega en el sitio web de HNTB?

En el sitio web de HNTB, se pueden explorar cinco pestañas principales: 'Explorar', 'Buscar', 'Descargas', 'Acerca de' y 'Contáctenos', cada una con distintas funcionalidades para buscar o explorar datos sobre metabolitos.

¿Qué opciones de búsqueda se ofrecen en el sitio web de HNTB?

En la pestaña de búsqueda, se pueden realizar búsquedas utilizando estructura química, peso molecular, secuencia de proteínas, búsquedas avanzadas y búsquedas espectrales como espectrometría de masas y NMR.

¿Qué es un 'smiles string' y cómo se usa en el sitio de HNTB?

'Smiles string' es una notación que representa moléculas de forma simplificada. En HNTB, se puede pegar un 'smiles string' en la herramienta de dibujo para realizar búsquedas rápidas de metabolitos con estructuras químicas similares.

¿Cómo se realizan búsquedas espectrales en HNTB?

Las búsquedas espectrales en HNTB incluyen opciones para espectrometría de masas y NMR, donde los usuarios pueden ingresar datos espectrales y obtener resultados que coincidan con la estructura correspondiente.

¿Qué información contiene una entrada típica de metabolito en HNTB?

Una entrada de metabolito en HNTB contiene hasta 10 secciones de datos, como identificación, propiedades físicas, espectroscopía, propiedades biológicas, concentraciones, enlaces y referencias.

¿Cómo se filtran los resultados de búsqueda en el sitio de HNTB?

En la sección de 'Explorar', se pueden aplicar filtros para refinar los resultados, como categorías específicas de metabolitos. Al aplicar los filtros, los resultados se actualizan según los criterios definidos.

¿Qué tipo de descarga de datos se puede realizar en el sitio web de HNTB?

En la pestaña de 'Descargas', se pueden descargar conjuntos de datos del HNTB en diferentes formatos seleccionando los campos que se desean extraer y el formato de archivo deseado.

¿Qué herramientas de búsqueda avanzada se ofrecen en HNTB?

HNTB ofrece una herramienta de búsqueda avanzada que permite construir consultas con múltiples condiciones y predicados, proporcionando flexibilidad para buscar metabolitos según criterios específicos.