Aprendiendo a usar MEGA - 2

Summary

En este video, se exploran las funciones del software Mega para análisis de secuencias biológicas. Se muestra cómo abrir y alinear archivos en formato FASTA, calcular distancias genéticas entre secuencias, y generar matrices de distancias. El proceso incluye la selección de modelos de sustitución, como el modelo Yux Cantor, para calcular las distancias entre secuencias de diferentes bacterias. Además, se enseña cómo construir un árbol filogenético y personalizar su presentación para incluir en reportes científicos. Finalmente, se muestran opciones de edición y exportación para guardar los resultados visuales del análisis.

Takeaways

• 😀 Se utiliza el software MEGA para alinear y analizar secuencias genéticas, en este caso, secuencias del gen 16S de diferentes bacterias.
• 😀 El archivo generado anteriormente se abre en formato FASTA para realizar alineamientos de secuencias.
• 😀 Para determinar las distancias genéticas entre las secuencias, se utiliza la matriz de distancias, que compara pares de secuencias.
• 😀 La distancia genética es inversamente proporcional a la similitud de las secuencias, lo que significa que a menor distancia, mayor similitud.
• 😀 Los modelos de sustitución como P-distance y Kimura son herramientas clave para calcular las distancias genéticas entre secuencias.
• 😀 En el análisis de distancias, la secuencia más parecida tendrá un valor de distancia menor, mientras que las más distantes tendrán valores mayores.
• 😀 Una vez calculadas las distancias, se puede representar gráficamente en un árbol filogenético para visualizar las relaciones evolutivas entre las secuencias.
• 😀 La filogenia puede generarse utilizando el método de vecino más cercano (Neighbor-Joining), que compara secuencias sin tener en cuenta consideraciones evolutivas complejas.
• 😀 El software MEGA permite personalizar la visualización del árbol filogenético, modificando el grosor de las ramas, la fuente y el tamaño de los taxones.
• 😀 Los resultados del análisis pueden exportarse como imágenes para ser incluidos en reportes científicos o tesis, manteniendo la claridad en la presentación.

Q & A

¿Qué formato de archivo se utiliza en Mega para abrir el alineamiento de secuencias?

Se utilizan los formatos MEC y FASTA, siendo el formato FASTA el que se selecciona para abrir el archivo de alineamiento en Mega.

¿Qué se puede hacer con la opción 'editar insertar secuencia' en Mega?

Con la opción 'editar insertar secuencia' en Mega, se pueden agregar más secuencias al alineamiento para ampliarlo con información adicional.

¿Qué es la distancia genética y cómo se interpreta?

La distancia genética es un parámetro que mide las diferencias entre secuencias. Es inversamente proporcional a la similitud: mientras más pequeña es la distancia, más similares son las secuencias.

¿Cómo se calcula la distancia genética entre dos secuencias?

La distancia genética se calcula comparando secuencias por pares y utilizando modelos de sustitución, como el modelo de distancia P o el modelo Yule-Cantor, para determinar las diferencias entre las secuencias.

¿Cuál es el modelo de sustitución que se utilizó en el video para calcular las distancias?

El modelo de sustitución utilizado fue el modelo Yule-Cantor, que asume que los cambios en la secuencia son el resultado de cambios fijados por la evolución.

¿Cómo se representa una matriz de distancias genéticas?

Una matriz de distancias genéticas se representa en una tabla donde se muestran las distancias entre cada par de secuencias. Los valores más pequeños indican mayor similitud entre las secuencias comparadas.

¿Qué diferencia existe entre las distancias de las secuencias de Escherichia y Bacillus en el video?

La distancia genética entre Escherichia y Bacillus es mayor (0.25) en comparación con la distancia entre las secuencias de Bacillus subtilis y Bacillus thuringiensis, que es de 0.0592, lo que refleja una mayor similitud entre las secuencias de Bacillus.

¿Qué es una filogenia y cómo se genera en Mega?

Una filogenia es un árbol evolutivo que muestra las relaciones de parentesco entre diferentes secuencias. En Mega, se puede generar utilizando el método del vecino más cercano (Neighbor Joining), que compara las secuencias basándose en su similitud.

¿Cómo se edita un árbol filogenético en Mega?

Se puede editar un árbol filogenético en Mega ajustando parámetros como el grosor de las ramas, el tamaño de la escala y la fuente de los nombres científicos de las especies, entre otros.

¿Qué formato de archivo se puede elegir para guardar la imagen del árbol filogenético en Mega?

La imagen del árbol filogenético puede guardarse en varios formatos de archivo, como PNG o TIFF, para su uso en reportes o publicaciones.