NCBI Blast Tutorial

Summary

Dans cette vidéo, Bob Lessick du Center for Biotechnology Education de l'Université Johns Hopkins guide les utilisateurs à travers l'utilisation de l'outil BLAST, un outil de recherche d'alignement local. Il explique comment choisir le bon programme BLAST en fonction du type de séquence (ADN ou protéine), sélectionner la base de données appropriée, et affiner la recherche par organisme. Après avoir lancé la recherche, l'utilisateur apprend à interpréter les résultats, en se concentrant sur les valeurs E et les alignements de séquences, afin d'analyser les relations entre les séquences de manière efficace.

Takeaways

• 😀 Le BLAST est un outil permettant de rechercher des séquences biologiques similaires dans une vaste base de données.
• 😀 Il existe plusieurs programmes BLAST, dont le BLAST nucléotidique et le BLAST protéique, chacun adapté à un type de séquence (ADN ou protéine).
• 😀 Pour utiliser BLAST, il faut commencer par choisir le programme approprié en fonction du type de séquence (nucléotidique ou protéique).
• 😀 La séquence d'entrée doit être fournie dans un format FASTA, incluant à la fois le titre et la séquence elle-même.
• 😀 Lors de la recherche, il est recommandé de sélectionner une base de données de haute qualité, comme la base de données des protéines de référence, pour limiter les résultats redondants.
• 😀 Il est possible de restreindre les résultats à une ou plusieurs espèces spécifiques (par exemple, les humains) pour affiner les recherches.
• 😀 Après avoir configuré la recherche, il faut cliquer sur le bouton 'BLAST' pour lancer l'analyse.
• 😀 Les résultats de BLAST sont classés selon la valeur e, où des valeurs e inférieures à 1 × 10^-4 indiquent une relation significative avec la séquence d'entrée.
• 😀 Un résultat avec une valeur e très faible indique une similitude significative avec la séquence recherchée, et les séquences les plus proches sont affichées en premier.
• 😀 Les alignements entre la séquence d'entrée et les séquences trouvées sont affichés avec des correspondances exactes et similaires, avec des lettres capitales pour les correspondances exactes et des signes '+' pour les similitudes chimiques.
• 😀 Le bouton 'Edit and Resubmit' permet de revenir à la page principale de BLAST pour modifier les paramètres de recherche, comme la séquence ou la base de données.

Q & A

Qu'est-ce que le programme BLAST et à quoi sert-il ?

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) est un outil qui permet de comparer une séquence donnée à une base de données pour identifier des séquences similaires, ce qui permet de trouver des relations entre les séquences d'ADN ou de protéines.

Comment choisir le bon programme BLAST ?

Il existe plusieurs programmes BLAST, mais si vous avez une séquence d'ADN, vous devez utiliser 'nucleotide BLAST', tandis que pour une séquence de protéine, vous devez utiliser 'protein BLAST'.

Quelle est la différence entre les bases de données NR et Reference Proteins dans BLAST ?

La base de données NR (non-redondante) est très large et inclut des séquences redondantes, tandis que la base de données Reference Proteins est plus spécifique et contient des séquences de haute qualité, réduisant ainsi les doublons dans les résultats.

Pourquoi est-il important de limiter la recherche à un organisme spécifique dans BLAST ?

Limiter la recherche à un organisme spécifique permet de filtrer les résultats pour ne voir que les séquences de cet organisme, ce qui peut améliorer la pertinence des résultats pour une analyse plus ciblée.

Que signifie un 'e-value' dans les résultats de BLAST ?

L'e-value représente la probabilité qu'un alignement soit dû au hasard. Un e-value faible (en dessous de 1e-4) indique une forte probabilité que l'alignement soit significatif et que les séquences soient homologues.

Que signifie un alignement avec un e-value de 6e-21 ?

Un e-value de 6e-21 signifie que la probabilité que l'alignement soit dû au hasard est extrêmement faible, indiquant que la correspondance entre les séquences est hautement significative.

Comment interpréter les résultats d'un alignement dans BLAST ?

Les résultats d'alignement sont souvent présentés sous forme d'alignements de séquences, où un certain pourcentage d'acides aminés sont identiques ou similaires. Un pourcentage élevé d'identité ou de similarité suggère une forte relation entre les séquences.

Que signifie une similarité de 71% entre deux protéines dans BLAST ?

Une similarité de 71% indique que 71% des acides aminés dans les deux séquences sont soit identiques, soit chimiquement similaires, ce qui montre qu'elles sont assez proches fonctionnellement.

Qu'est-ce que l'option 'Edit and Resubmit' dans BLAST ?

L'option 'Edit and Resubmit' permet de revenir à la page principale de BLAST et d'effectuer des modifications sur la recherche initiale, telles que le changement de base de données, de séquence ou d'organisme cible.

Pourquoi est-il important d'utiliser un format FASTA pour les séquences dans BLAST ?

Le format FASTA permet de présenter les séquences de manière standardisée, avec un titre suivi de la séquence elle-même, ce qui facilite leur traitement dans des outils comme BLAST.