iCn3D Viewer Tutorial, Part 1

Summary

El video ofrece una introducción a Icing 3D, una herramienta que permite trabajar con diferentes tipos de datos moleculares. Se describen las opciones del menú 'Archivo', donde se pueden recuperar datos de diversas fuentes como NCPI, MyCSB y OPM, además de cargar archivos locales. En el menú 'Análisis', se muestra cómo visualizar secuencias, diagramas 2D y seleccionar partes de la estructura molecular. El menú 'Seleccionar' permite elegir átomos o cadenas específicas y se destaca cómo la selección afecta la visualización en 1D, 2D y 3D. El menú 'Ver' permite enfocarse solo en la selección hecha, mientras que el menú 'Estilo' permite elegir diferentes representaciones de la proteína o molécula. El menú 'Color' ofrece opciones para colorear según la estructura secundaria, carga o hidrofobicidad. Finalmente, se explica cómo guardar una vista personalizada, crear una galería combinando múltiples archivos HTML y compartir la visualización a través de un enlace corto.

Takeaways

• 📂 El menú de archivo en IC3D permite acceder a diferentes fuentes de datos y recuperar información mediante identificadores específicos.
• 📈 El menú de análisis ofrece múltiples opciones para visualizar secuencias, diagramas 2D y conjuntos definidos de una estructura.
• 🔍 En el menú de selección, es posible elegir una parte específica de la estructura para que las acciones posteriores se apliquen solo a esa selección.
• 🎨 El menú de estilo permite elegir la representación visual de la proteína o el compuesto, como mostrador la secuencia, las esferas o la superficie molecular.
• 🖌 En el menú de color, se pueden aplicar colores según la estructura secundaria, la carga, la hidrofobicidad o aplicar un color único a todo.
• 📑 Al guardar una vista personalizada, se pueden guardar como archivos PNG e HTML, lo que permite compartir y visualizar la vista personalizada.
• 🔗 Se pueden compartir vistas personalizadas a través de enlaces cortos, facilitando la colaboración y el intercambio de información.
• 📝 Se pueden agregar títulos y notas a las vistas personalizadas, lo que ayuda a identificar y documentar la información mostrada.
• 🖥 El menú de visualización permite mostrar solo la selección o la estructura completa según sea necesario.
• 🔄 La opción de reproducir cada paso muestra el proceso desde el inicio hasta la vista final, lo que es útil para la presentación y la comprensión del análisis.
• 📁 Los archivos locales como PDB, MSF, SDF y otros pueden ser cargados en IC3D para su análisis y visualización.

Q & A

¿Qué es Icing 3D y qué partes tiene la presentación?

Icing 3D es una herramienta para trabajar con datos biomoleculares y la presentación se divide en dos partes. La primera parte cubre los menús y opciones disponibles en la herramienta.

¿Cuáles son las diferentes fuentes de datos que se pueden utilizar en el menú de archivo de Icing 3D?

Las fuentes de datos incluyen NCPI, MyCSB, OPM y también se pueden cargar archivos locales como PDB, MSF, SDF e imágenes PNG.

¿Qué opciones de visualización se ofrecen en el menú de análisis de Icing 3D?

El menú de análisis ofrece opciones para mostrar secuencias, diagramas 2D y definir conjuntos. También permite seleccionar subconjuntos de la estructura para el análisis.

¿Cómo se realiza una selección en la estructura 3D en Icing 3D?

Para seleccionar una parte de la estructura 3D, se hace clic en el botón Alt y luego se hace clic en la parte deseada. Esta selección también se refleja en el diagrama 2D y la secuencia 1D.

¿Qué sucede cuando se hace una selección en Icing 3D?

Una vez que se realiza una selección, el estilo y el color del menú cambian a naranja, lo que indica que todas las acciones subsiguientes se aplicarán solo a la selección.

¿Cómo se puede visualizar solo la selección hecha en Icing 3D?

Para visualizar solo la selección, se puede ir al menú Ver y seleccionar la opción 'Only Selection', lo que mostrará la selección en 3D, resaltará en 1D y también se mostrará en el diagrama 2D.

¿Qué estilos de visualización están disponibles en el menú de estilo de Icing 3D?

Los estilos disponibles incluyen Ribbon, Schematic, Sticks, C averages, Molecular Surface y Electron Density Map (EM map).

¿Cómo se pueden aplicar colores personalizados a una selección en Icing 3D?

En el menú de color, se pueden elegir opciones como colorear por estructura secundaria, carga, hidrofobicidad o aplicar un color único a todo. El color seleccionado se aplicará solo a la selección actual.

¿Cómo se pueden guardar y compartir las vistas personalizadas en Icing 3D?

Para guardar una vista personalizada, se puede ir a 'Save File' y se guardarán dos archivos: una imagen PNG y un archivo HTML con un enlace a la imagen. Estos archivos se pueden compartir a través de un URL corto proporcionado por la herramienta.

¿Qué es la función 'Replay Each Steps' en Icing 3D?

La función 'Replay Each Steps' permite mostrar paso a paso, desde el inicio hasta el final de la vista personalizada, facilitando la comprensión del proceso de análisis.

¿Cómo se pueden concatenar varios archivos HTML para crear una galería personalizada en Icing 3D?

Se pueden abrir los archivos HTML en un editor de texto y concatenarlos para crear una galería personalizada. Esta galería se puede visualizar en Icing 3D al abrir los archivos correspondientes.

¿Qué es un URL corto y cómo se utiliza en el contexto de compartir datos en Icing 3D?

Un URL corto es una versión abreviada de una dirección web que se utiliza para compartir contenido de manera más conveniente. En Icing 3D, los datos y las vistas personalizadas se guardan en un URL corto para que puedan compartirse fácilmente con colegas.

Outlines

00:00

📚 Introducción a Icing 3D: Menús y Funcionalidades

Jiawang presenta Icing 3D, una herramienta con múltiples menús y opciones. El menú de archivo permite acceder a diferentes fuentes de datos como NCPI, MyCSB y OPM, utilizando identificadores específicos. Además, se pueden cargar archivos locales en varios formatos. El menú de análisis ofrece visualizaciones de secuencias, diagramas 2D y conjuntos definidos. La selección de átomos o cadenas en la estructura 3D se refleja en las vistas 1D y 2D correspondientes. Una vez realizada la selección, los cambios en el menú de estilo y color se aplican solo a la selección. El menú de vista permite mostrar solo la selección y el menú de estilo permite elegir diferentes representaciones de la proteína o molécula, como el esquema de banda o la superficie molecular.

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🖼️ Personalización y Compartir Vistas en Icing 3D

Se discute cómo personalizar y compartir vistas en Icing 3D. El usuario puede guardar una vista personalizada y exportarla como una imagen PNG o un archivo HTML, lo que permite crear una galería combinando múltiples archivos HTML. Además, se puede compartir una URL corta que contiene la visualización personalizada. La función de reproducir cada paso muestra el proceso desde el inicio hasta la vista final, facilitando la comprensión del análisis y la presentación de los resultados.

Keywords

💡Icing 3D

Icing 3D es un programa de visualización de estructuras moleculares en tres dimensiones. Es el tema central del video, donde se discute su uso para visualizar y analizar diferentes fuentes de datos moleculares. Se menciona en la primera parte del video como una herramienta que permite trabajar con diferentes formatos de archivo y visualizar estructuras moleculares de manera interactiva.

💡Archivos de datos

Los archivos de datos son conjuntos de información que se utilizan para cargar y visualizar estructuras moleculares en Icing 3D. En el video, se discuten varios tipos de archivos como PDB, MSF, SDF, que son fundamentales para la visualización y el análisis de datos moleculares dentro del programa.

💡Menú de archivo

El menú de archivo es una parte importante de la interfaz de Icing 3D que permite al usuario acceder a diferentes opciones para gestionar archivos y datos. Se menciona en el video como el lugar donde se pueden recuperar datos de diversas fuentes y cargar archivos locales.

💡Análisis de secuencias

El análisis de secuencias es una función en Icing 3D que permite visualizar y examinar secuencias moleculares en un维度 (1D). En el video, se destaca cómo este menú permite a los usuarios ver las anotaciones de las secuencias una dimensión.

💡Diagrama 2D

El diagrama 2D es una representación plana que se utiliza en Icing 3D para visualizar la estructura molecular de una manera más detallada. En el video, se describe cómo el menú de análisis ofrece la opción de mostrar este tipo de diagramas.

💡Selección en 3D

La selección en 3D es una característica de Icing 3D que permite a los usuarios seleccionar partes específicas de una estructura molecular en tres dimensiones. El video explica cómo hacer una selección y cómo esta afectará la visualización en el menú de vista.

💡Menú de vista

El menú de vista en Icing 3D se refiere a las opciones que permiten al usuario manipular y ajustar la visualización de la estructura molecular seleccionada. En el video, se describe cómo este menú permite mostrar solo la selección hecha por el usuario en diferentes dimensiones.

💡Estilo de visualización

El estilo de visualización se refiere a las diferentes formas en que se pueden representar las estructuras moleculares en Icing 3D, como por ejemplo, con una representación de cinta (ribbon) o con esquemas de stick. El video menciona cómo el menú de estilo permite al usuario elegir entre diferentes estilos de visualización.

💡Colores y menú de color

El menú de color en Icing 3D permite a los usuarios asignar colores a las estructuras moleculares basándose en diferentes características, como la carga o la estructura secundaria. El video destaca cómo los colores se aplican solo a la selección hecha por el usuario.

💡Guardar vista personalizada

Guardar una vista personalizada es la capacidad en Icing 3D de almacenar la configuración y visualización actual de una estructura molecular para futuras referencias o uso. El video describe cómo se pueden guardar vistas como archivos PNG e HTML para compartir o mostrar en una galería.

💡Compartir enlaces

La opción de compartir enlaces en Icing 3D permite a los usuarios crear una URL corta que contenga la visualización y la configuración de la estructura molecular. Esto se menciona en el video como una forma de compartir fácilmente la vista personalizada con colegas.

💡Replay de pasos

El replay de pasos es una función en Icing 3D que permite a los usuarios ver el proceso de visualización desde el inicio hasta la vista final. Esto se describe en el video como una herramienta útil para compartir o revisar los cambios realizados en la visualización de una estructura molecular.

Highlights

IC3D has a file menu with options to retrieve data from various sources like NCPI, MyCSB, OPM, and load local files.

The analysis menu provides options to show sequence, 2D diagram, and defined sets for a structure.

Users can select a subset of the structure using the select menu and the 3D view.

Selections in 3D will also be reflected in the 2D diagram and 1D sequence.

After making a selection, the style and color menu options become orange, indicating that subsequent actions will apply only to the selection.

The view menu allows users to display only the selected part of the structure in 3D, 1D, and 2D.

In the style menu, users can choose the representation style for proteins, situations, chemicals, ions, waters etc.

Different display options are available like ribbon, schematic, sticks, CA averages, molecular surface, electron density map.

The color menu provides options to color by secondary structure, charge, hydrophobicity or apply a uniform color.

Custom displays can be saved with a title and notes, which will be reflected in the window title for easy identification.

Users can save their custom views as ICM 3D files, PNG images, and HTML files for easy sharing.

The HTML file contains a link to the PNG image, allowing users to quickly display their custom view.

Multiple HTML files can be concatenated in a text editor to create a custom gallery.

The PNG image can be loaded into IC3D for further optimization.

Users can share their custom display with colleagues using a short URL generated by IC3D.

The file share link saves the custom display in a lifelong short URL for easy sharing.

IC3D also provides a replay feature to show the step-by-step process from the initial to the final view.

Transcripts

hello my name is jiawang

today i'm going to talk about icing 3d

there will be two parts

this is the first part the slide is in

the

video description

ic3d has a few menus

the first menu is the file menu it shows

different data source

if you click the retrieve by id

there are data from ncpi

you can define mndbid

data from mycsb you can use the mntfid

or pdb id there are also data from opm

you can use a pmid

you can also load the local files

pdb files msf files

sdf files and you can load icm 3d

png image or load the state

file as well

in the analysis menu it

has many options to show

sequence you click sequence and the

annotations

show the 1d sequence if you click

2d diagram it shows 2d diagram

and you can also show the defined sets

by default all atoms are shown

and you can select a subset of the

structure go to select menu

and select on 3d

if you click the alt button

and click you can select residue

by default or you can

change to select a chain

and when you select something on 3d

it will show up on the set as well

and show up in the 2d diagram it will

show up

in 1d or if you select in 3d

in 1d sequence the selection will show

up in

2d and 3d as well

after the selection the toggle

shows selection and the color becomes

orange

and the style and the color menu also

become orange

that means all your actions

after your selection will apply only on

the selection

so if you click the view menu the first

one is the only selection

and it will display only your selection

in 3d

and highlight the in 1d and they also

only show your structure in 2d and your

selection

will show up in the defined sets as well

if you click the toggle it will

show the full structure

in the style menu you need to select

whether it's a protein

or the situation of the protein or

or chemicals irons waters then select

the

style by default ribbon you can change

the schematic

by showing the rest name and

show sticks and show the

c averages

and you can also show the

molecular surface or show the electron

density map or em map

and remember since this is the color in

orange that means you have a selection

and your

all your app your actions will only

apply to your selection

in the color menu

there are different options you can

color by

secondary structure color by charge

by hydrophobicity or you can apply a one

a unicolor to everything

and the color will apply only to your

selection

if you have no selection it will be all

the items

and once you have a custom display

you can add a title

at the notes for your custom view and

your notes and with the notes the note

will also show up

as the window tight hole so if you have

multiple tabs

open you can easily tell from the

window title which one

is which

so if you have a custom view you want to

save you can go to save file

icm 3d png image

and these will save two files one is the

png image

the other one is the html file

which has a link to the

it's shown here which has a link to the

image

so you can just click it and the this

your custom view will be displayed

and if you have multiple

uh this html file you can concatenate in

a text editor

then you can generate your own

gallery and this png image

can be loaded into as in 3d if you go to

open file

optimizing 3d image

and furthermore you can click

file share link and all your data your

custom

display will be

saved in a short url this is a lifelong

short url and you can

share it with your colleagues

and there's also another option it's

called replay each steps

so if you click that

then it will show step by step

from the start of your

view and to the end or your to your

final view

okay that's for the first part

you