September 18, 2024
Summary
TLDRThe script provides a detailed overview of various laboratory tools and techniques, including the usage of agarose gel trays, water baths, microwaves, and microcentrifuges. It explains the principles behind each tool, from maintaining temperature consistency and homogenizing solutions to separating DNA via electrophoresis. It also covers how to prepare solutions, operate pipettes, and extract DNA, ensuring accuracy and preventing contamination. Additionally, the script highlights the importance of buffers and other reagents used in molecular labs, making it an informative guide for lab technicians and researchers.
Takeaways
- π¬ The agarose gel caster consists of three parts: the tray printer, the tray, and the comb, used for casting agarose gels for electrophoresis.
- π‘οΈ Water baths are used to maintain a constant temperature for chemical reactions, ensuring quick reactions and sample incubation.
- π₯ Microwaves are utilized to heat and dissolve agarose when making gels, using microwave radiation as a heat source.
- π Vortex machines serve to homogenize solutions and facilitate cell lysis during extraction, mixing solutions with a set rotation force and speed.
- π§ͺ Microtubes are used for storing reagents and samples, available in various sizes like 0.2 mL, 0.5 mL, 1.5 mL, and 2 mL.
- π Spin down is a process using centrifugal force to bring liquids down to the walls of the tube, commonly used in PCR or other laboratory procedures.
- 𧲠Microcentrifuges are used to pellet heavier molecules or particles, separating samples based on centrifugal force.
- π§ Micropipettes are essential tools for handling small volumes of liquid, operating on the principle of air displacement.
- 𧬠Electrophoresis is a technique for separating DNA based on size, using the principle of ion migration through an agarose gel in an electric field.
- π‘οΈ Thermal cyclers are used in PCR to provide the necessary temperatures and time for amplification, with hot and head blocks to stabilize reaction temperatures.
Q & A
What are the three parts of the agarose caster?
-The agarose caster consists of a tray printer, a tray, and a comb. The tray printer is for printing the tray, the tray is for holding the agarose, and the comb is for creating wells in the agarose for sample insertion.
How does the agarose gel solidify?
-The agarose gel solidifies by pouring the agarose solution and waiting until the gel thickens and sets. The tray is then released, and the agarose is placed on the electrophoresis apparatus.
What is the function of the water bath?
-The water bath is used to maintain a constant temperature for chemical reactions, ensuring quick reactions and sample incubation. It works by convection, transferring heat through the water medium.
How is the microwave used in the process of making agarose gel?
-The microwave is used to heat and dissolve the agarose when making the gel. It works by using microwave radiation as a heat source. The solution is weighed, placed in a container, and heated until the agarose is completely dissolved.
What is the purpose of a vortex mixer?
-A vortex mixer is used to homogenize solutions and facilitate cell lysis during extraction. It works by mixing the solution with a specific rotational force and speed.
What is the function of a microcentrifuge?
-A microcentrifuge is used to spin down liquids to the bottom of the tube using centrifugal force. It works by balancing the tubes and spinning them at high speeds to separate heavier particles from the liquid.
How does a micropipette work?
-A micropipette works on the principle of air displacement. It replaces the air inside the pipette with the liquid it is meant to transfer, using a plunger mechanism to aspirate and dispense precise volumes of liquid.
What is the purpose of electrophoresis?
-Electrophoresis is used to separate DNA molecules based on their size. It works by separating molecules based on their rate of migration through an agarose gel under an electric field.
What is the role of a thermal cycler in PCR?
-A thermal cycler provides the necessary temperatures and durations for each step of the PCR process. It rapidly varies the temperature between hot lid and block to facilitate the amplification process.
How does a gel documentation system visualize DNA, RNA, and proteins after electrophoresis?
-A gel documentation system visualizes DNA, RNA, and proteins by exposing the stained samples to UV light. It uses a computer program to capture and analyze the image, allowing for adjustments in brightness and the ability to determine the results of the visualization.
What is the function of a BioDrop instrument?
-A BioDrop instrument measures the purity, quality, and quantity of DNA, RNA, and proteins by measuring the absorbance of light that passes through a cuvette or drop at wavelengths of 230, 260, and 280 nanometers.
Outlines
π¬ Gel Electrophoresis and Lab Equipment
This paragraph introduces various components of agarose gel electrophoresis, including the gel caster, tray, and comb for casting gels, and the process of pouring agarose and placing samples. It also details the use of a water bath for maintaining a constant temperature to speed up reactions and incubation. The microwave's role in heating and dissolving agarose is explained, along with the vortex for homogenizing solutions and facilitating cell lysis during extraction. The paragraph also covers the use of PCR tubes and spin down procedures for centrifugation, with emphasis on balance and speed to ensure efficient separation of liquids.
π§ͺ Microcentrifuge and Pipetting Techniques
The second paragraph discusses the use of a microcentrifuge for sedimenting heavier molecules or particles based on centrifugal force, with instructions on balancing sample weights and not opening the lid during operation. It explains the function of a micropipette for handling small liquid volumes and the principles of air displacement and liquid ejection. The paragraph also covers the use of microtips for transferring liquids without contamination and the importance of sterility. It includes details on the sizes and color-coding of microtips and the use of electrophoresis for DNA separation based on size.
π‘οΈ Measuring DNA, RNA, and Protein Quality
This paragraph focuses on the use of a BioDrop instrument for measuring the purity and quantity of DNA, RNA, and proteins by assessing their absorbance at specific wavelengths. It outlines the process of selecting the appropriate settings, preparing the sample, and reading the results to determine contamination. The paragraph also discusses the use of ice boxes, cool boxes, and refrigerators for storing samples and reagents at low temperatures, and the role of various buffers in preserving DNA and facilitating electrophoresis.
𧬠DNA Extraction and Pipetting Techniques
The final paragraph discusses DNA extraction kits and their principle of lysing cells, washing, and eluting DNA. It mentions the use of parafilm to prevent sample contamination during preparation and the importance of using high-quality water for sample dilution and concentration. The paragraph concludes with an introduction to forward and reverse pipetting techniques for accurately handling liquid samples, emphasizing the importance of these techniques in molecular lab procedures.
Mindmap
Keywords
π‘Agarose
π‘Electrophoresis
π‘Microwave
π‘Vortex
π‘Microcentrifuge
π‘Micropipette
π‘PCR
π‘Gel Documentation
π‘BioDrop
π‘DNA Extraction Kit
π‘Aquabides
Highlights
The agarose caster consists of three parts: the tray printer, the tray, and the comb printer.
Agarose is poured to create a mold for placing samples.
The working principle of the agarose printer involves assembling the parts and waiting for the gel to solidify.
The volume of agarose printed can be either 30 ml or 20 ml.
Waterbath maintains a constant temperature for chemical reactions, ensuring quick reaction and sample incubation.
Microwave functions to heat and dissolve agarose when making gels.
Vortex is used to homogenize solutions and facilitate cell lysis during extraction.
Microtubes are used for storing solutions, reagents, and samples.
Spin down is used to concentrate liquids in the bottom of the tube using centrifugal force.
Microcentrifuge functions to sediment molecules or particles that are heavier.
Micropipettes are used for taking small volumes of liquid, less than 1 ml.
Electrophoresis separates DNA based on size by the rate of ion migration through the agarose gel.
Thermal cycler provides the necessary temperature and time for PCR processes.
Gel documentation or gel doc is used to visualize DNA, RNA, and proteins after electrophoresis.
BioDrop is used to measure the purity, quality, and quantity of DNA, RNA, and proteins by measuring absorbance.
Various buffers are used as solvents for agarose in gel preparation and during electrophoresis.
Agarose is a polysaccharide extracted from seaweed used as a medium for separating DNA molecules.
Loading dye is used as a weight and to stain samples during electrophoresis.
DNA Extraction kit is used for DNA extraction using lysis, binding, washing, and elution principles.
Parafilm is used to cover microtubes during sample preparation to prevent contamination.
AquaBide or ddH2O is used for dissolving and diluting samples, ensuring no DNA or RNA contamination.
Transcripts
pencetak agarus terdiri dari tiga bagian
yaitu pencetak trey dan Kom pencetak
untuk mencetak cil agaros treay untuk
tempat agaros dan Kom untuk membuat
sumuran dalam agarus untuk tempat
memasukkan sampel
agarus cara kerjanya adalah susun bagian
pencetak tray dimasukkan ke pecetak Cel
agarus dituang lalu langsung dipasangkan
Kom ditunggu hingga gel memadat menjadi
agar Kom dilepas tray dilepas agaros
diletakkan pada
elektroforesis volume cetakan agaros
yang besar adalah 30 ml sedangkan yang
kecil adalah 20
ML
waterbud berfungsi mempertahankan reaksi
kimia pada suhu yang konstan
cepat reaksi dan inkubasi sampel larutan
prinsipnya menghantarkan panas secara
konveksi melalui media
air cara kerjanya adalah Nyalakan
waterbud dengan tombol power suhu diatur
dengan cara adjust ditekan diset dan
diatur suhu yang
ditentukan air yang digunakan yaitu
aquades untuk mencegah korosi yang
menyebabkan kerusakan dan harus diganti
secara
berkala
microwave berfungsi untuk memanaskan dan
melarutkan agarus saat pembuatan gel
agarus prinsipnya menggunakan radiasi
gelombang mikro sebagai sumber
panas cara kerjanya adalah larutan
agaros ditimbang dan dimasukkan ke
Airline Mayer waktu diatur dengan cara
klik k start saat agarus sudah larut
namun waktunya masih panjang proses
dapat dihentikan dengan klik stop dan
jangan sampai
mendidih
agarus diusahakan sudah bening sehingga
tidak ada Butiran yang belum larut
frekuensi gelombangnya yaitu
2.450 mhz dengan daya 900 Wat dan
suhunya 100 sampai 200 derajat celcius
vortex
berfungsi untuk menghomogenisasi larutan
dan mempermudah lisis dinding sel saat
ekstraksi prinsipnya mencampur larutan
dengan gaya putaran dan kecepatan yang
sudah
ditentukan cara kerjanya adalah Vortex
dihubungkan ke listrik dan tombol on
ditekan kecepatan
diatur dan tabung atau mikrotup
diletakkan di
tengah dipastikan sudah
homogen kecepatan maksimal pada Vortex
yaitu 3000
RPM mikrotub berfungsi untuk menyimpan
larutan reagen dan
sampel prinsipnya ditutup dengan rapat
agar tidak terjadi
kontaminasi ukurannya meliputi 0,2 ML
0,5 ML 1,5 ML dan 2 ML
untuk di PCR atau PCR tube digunakan
ukuran 0,2 samp 0,5
ML Spin down berfungsi untuk menurunkan
cairan pada dinding tub prinsipnya
menggunakan gaya
sentrifugal cara kerjanya adalah penutup
dibuka lalu tub dimasukkan dengan
kondisi
seimbang alat Din akan dan ditunggu
hingga semua larutan
menurun tunggu hingga berhenti lalu
tombol berwarna hijau
ditekan alat terbuka dan tub
diambil kecepatannya yaitu 6.500
rpm dengan waktu 5 sampai 10 detik
apabila memakai tub yang kecil harus
dimasukkan terlebih dahulu ke dalam tub
yang lebih besar agar memiliki berat
yang
seimbang
microosentrifuse berfungsi untuk
mengendapkan molekul atau partikel yang
lebih berat prinsipnya memisahkan sampel
berdasarkan gaya
sentrifugal cara kerjanya adalah tekan
tombol on klik Open
Lid kemudian buka penutup luar dan dalam
masukkan
tub lalu tutup penutup dalam dan
luar atur waktu dan
kecepatan dan pilih
start jumlah sampel yang digunakan harus
seimbang atau genap berat sampel harus
sama dan peletakannya harus berhadapan
saat running penutup tidak boleh dibuka
secara paksa apabila terpaksa harus buka
maka diop hingga kecepatan
nol kecepatan maksimum
microsentrifus adalah 14.000
RPM
mikropipet berfungsi untuk mengambil
larutan dalam jumlah yang kecil yang
berukuran di bawah 1 ml atau dalam
satuan
mikrolit prinsipnya air displacement
atau udara di dalam mikropipet diganti
dengan larutan dalam
mikropipet cara kerjanya yaitu first
stop untuk mengambil larutan full stop
untuk mengeluarkan semua larutan
homogenus untuk homogenisasi larutan
dengan menaruh larutan kemudian
dimasukkan lalu dikeluarkan lagi atau up
and down atau full stop repetitif
mengeluarkan sedikit demi sedikit atau
membagi
larutan mikrotip fungsinya dipasang pada
ujung mikropipet untuk menampung
sementara cairan yang akan dipindahkan
atau
diambil prinsipnya air
displacement cara mengambil mikrotip
yang disimpan di bok adalah tutup bok
dibuka dan mikropipet pada ujung
dipasangkan pada mikrotip namun mikrotip
dan ujungnya tidak menyentuh benda lain
agar tidak terjadi kontaminasi
mikrotip harus steril sehingga tidak
terkena
kontaminasi mikrolit putih berukuran
0,1- 10 mikrolit kuning berukuran 10-1
mikrit biru berukuran
100-1000
mikrolit ukuran maksimal mikrotip yaitu
1 M atau 1.000
mikroliter elektroforesis
berfungsi untuk memisahkan DNA
berdasarkan
ukurannya prinsipnya memisahkan molekul
berdasarkan laju ion melalui gel agarus
dalam aliran
listrik cara kerjanya adalah alat
dinyalakan dan penutupnya dibuka Cel
agarus dimasukkan loading die Dan juga
sampel dimasukkan ke
sumuran lalu
ditutup atur waktu dan juga
voltase kemudian
running besar voltase mempengaruhi laju
migrasi DNA jika voltase tinggi Maka
laju migrasi juga cepat thermal
cycler berguna dalam menyediakan suhu
dan waktu yang diperlukan pada proses
PCR serta jumlah amplifikasi yang
dibutuhkan prinsipnya mengatur suhu
secara cepat dan bervariasi dengan hot
liit dan head block cara kerjanya alat
dinyalakan lalu proses booting ditunggu
5 sampai 10 menit kemudian penutup
dibuka sampel berupa PCR tub dimasukkan
pada head block lalu alat ditutup dan
siklus diatur kemudian running head
block dan hotlit bertujuan sebagai
penstabil suhu reaksi gel documentation
atau gel doc berfungsi untuk
memvisualisasi DNA RNA dan protein
setelah hasil
elektroforesis yang telah diberi
pewarna prinsipnya menggunakan paparan
sinar UV pada
sampel cara kerjanya adalah alat
dinyalakan kemudian program pada
komputer
dinyalakan lalu
gel agaros dimasukkan ke dalam gel
dog hasil
visualisasi dapat terlihat dalam program
komputer kemudian dapat diatur
kecerahannya dan dapat
dicapture sehingga dapat diketahui hasil
dari visualisasi
DNA sinar UV tidak boleh menyala terlalu
lama karena dapat menyusutkan gel
biodrop berfungsi untuk mengukur
kemurnian atau kualitas dan kuantitas
DNA RNA dan protein dengan cara mengukur
absorbansinya prinsipnya mengukur
absorbansi cahaya yang melewati kufet
atau drop pada gelombang
230 260 dan 280
nanm cara kerjanya yaitu alat dinyalakan
kemudian pilih Life science dan pilih
DNA nucleic acid dan pth leng mikrolit
0,5 mm dilusion factornya 1000 unit dan
satuannya nanogram per
mikrolit larutan ekstraksi
dimasukkan kemudian reference
ditekan lalu akan muncul kurva dan
panjang gelombang sehingga dapat
diketahui terjadi kontaminasi atau
tidak biodrop Dan kuvet dibersihkan
dengan tisu nonsap atau Kim wipes setiap
melakukan
analisa metode yang digunakan di lab
molekuler yaitu
drop iceox freezer coolbox dan
refrigerator berfungsi untuk menyimpan
sampel atau reagen dalam suhu rendah
icebox dan coolbox digunakan di lapangan
untuk menyimpan sampel atau reagen
tertentu prinsipnya keempat alat ini
memiliki prinsip untuk mengeluarkan
kalor dari sampel dalam proses
pendinginan
refrigerator memiliki suhu 4 derajat
Celcius sedangkan freezer -20 derajat
Celcius
tbe buffer dan Tae
buffer sebagai pelarut agaros dalam
pembuatan gel agaros dan pada saat fase
gerak dalam
elektroforesis tbe biasanya diencerkan
dengan
aquades
komposisinya 10 kali trisborat edta
dengan PH
8,3 dan juga 50 kali trisacetat edta
dengan ph8
te buffer atau Tris edta buffer
berfungsi untuk preservasi atau
pengawetan DNA dalam jangka waktu yang
lama te Buff ditambahkan pada presipitan
DNA saat salting out komposisinya Tris
edta
agarus berfungsi sebagai media untuk
memisahkan DNA saat
elektroforesis prin
pori-pori agaros memiliki konsentrasi
untuk memisahkan Ukuran molekul atau
panjang DNA cara kerjanya adalah agaros
ditimbang sesuai konsentrasi yang
diinginkan lalu dilarutkan dalam tbe
buffer kemudian dipanaskan di microwave
dan kemudian diberi pewarna etbr atau
fluorosev dan dicetak pada pencetak
agarus kemudian diberikan sumuran dan
ditunggu hingga agaros memadat komposisi
agaros yaitu polisakarida yang
diekstraksi dari rumput laut loading Day
berfungsi sebagai pemberat dan pewarna
sampel saat
elektroforesis loading Day mengandung
bromopenol blue
0,25% silenanol
0,25%, sukrosa 4% dan aquades
DNA Extraction kit berfungsi untuk
ekstraksi
DNA prinsipnya Lisi sel DNA bending wash
dan
elusion
parafilm berfungsi saat preparasi sampel
sebelum melakukan
elektroforesis dan dapat untuk
membungkus mikrotup prinsipnya
hidrofobisitas dari para film memudahkan
dalam preparasi sampel dan mencegah
kontaminan sampel parafilm diletakkan di
atas meja kerja dengan posisi bertulis
parafilm di atas kertas penutup dibuka
dengan tidak menyentuh bagian steril
untuk menghindari kontaminasi
aquabides atau
ddh2o atau double destiled H2O berfungsi
melarutkan dan mengencerkan sampel atau
larutan
ddh2o mengalami dua kali nyulingan
sehingga bebas kontaminasi DNA dan RNA
komposisinya yaitu
H2O sekarang kita menuju ke teknik
pipeting forward pipeting untuk
mengambil larutan tekan first stop lalu
larutan akan terambil dan lepaskan
penekan Untuk memindahkan larutan tekan
hingga full stop
reverse pipeting untuk mengambil larutan
tekan hingga full stop untuk memindah
larutan tekan hingga first stop reverse
pipeting biasanya digunakan untuk
mengambil larutan yang bersifat mudah
menguap sekian pengenalan alat dan bahan
dan teknik pipeting hari ini Terima
kasih y
5.0 / 5 (0 votes)