Clase 1: Introducción simulación molecular

D. Osorio

2 Jun 202018:48

Summary

TLDREn esta clase de introducción a la simulación molecular, se aborda la proteína Spike del virus SARS-CoV-2, un coronavirus beta descubierto en Wuhan en 2019. Se discuten sus características estructurales y genómicas, así como la importancia de las proteínas S, M y N en el ciclo de replicación viral. La proteína Spike, que juega un papel clave en la unión al receptor de la célula huésped, se destaca por su alta tasa de contagio. Finalmente, se describe el proceso de fusión entre el virus y la célula huésped, crucial para la replicación viral.

Takeaways

🦠 Los coronavirus son virus de ARN que se transmiten de animales a humanos, clasificados en cuatro géneros: alfa, beta, gamma y delta.
🔍 El SARS-CoV-2 es un beta coronavirus descubierto en Wuhan, China, en diciembre de 2019, con un diámetro de 80 a 160 nanómetros.
📦 El SARS-CoV-2 tiene cuatro proteínas estructurales: proteína spike (S), proteína de núcleo (N), proteína de membrana (M) y proteína de envoltura (E).
🔬 La proteína S se encarga de la unión al receptor y es fundamental para la infectividad del virus, mostrando una alta afinidad por la enzima convertidora de angiotensina 2 (ACE2).
📊 El genoma del SARS-CoV-2 es una cadena de ARN de sentido positivo, con aproximadamente 29,891 nucleótidos que codifican 9,860 aminoácidos.
⚙️ Se identificaron mutaciones en la proteína S que afectan la capacidad infecciosa del SARS-CoV-2, lo que la convierte en un objetivo clave para el tratamiento.
🌍 La estructura de la proteína spike se compone de tres cadenas idénticas, lo que le proporciona estabilidad y forma característica de corona.
🔄 La fusión del virus con la membrana celular inicia cuando el dominio S1 de la proteína spike se acopla al receptor de la célula huésped.
📉 La disminución del pH desencadena la disociación de los dominios S1 y S2, activando el péptido de fusión para conectar las membranas del virus y la célula huésped.
🧬 Una vez fusionadas las membranas, el virus puede introducir su material genético en la célula huésped para replicarse utilizando su maquinaria celular.

Q & A

¿Cuál es el enfoque principal de la clase sobre simulación molecular?
-El enfoque principal es la proteína spike del virus SARS-CoV-2 y su uso en herramientas de simulación y modelado.
¿Qué tipos de coronavirus se mencionan en el transcript?
-Se mencionan cuatro géneros de coronavirus: alfa, beta, gamma y delta.
¿Qué características tiene el SARS-CoV-2?
-El SARS-CoV-2 es un beta coronavirus, tiene una geometría esférica y mide entre 80 y 160 nanómetros de diámetro.
¿Cuáles son las proteínas estructurales que contiene el SARS-CoV-2?
-Las proteínas estructurales son la proteína spike (S), la proteína de núcleo (N), la proteína de membrana (M) y la proteína de envoltura.
¿Qué función tiene la proteína spike (S)?
-La proteína spike juega un papel crucial en la unión al receptor de la célula huésped, facilitando la entrada del virus.
¿Qué tipo de genoma tiene el SARS-CoV-2?
-El SARS-CoV-2 tiene un genoma de ARN de sentido positivo, con aproximadamente 29,891 nucleótidos.
¿Cuántas proteínas no estructurales codifica el genoma del SARS-CoV-2?
-El genoma codifica 16 proteínas no estructurales.
¿Cuál es la relación entre la proteína spike y la tasa de contagio del SARS-CoV-2?
-La proteína spike tiene una fuerte afinidad con el receptor ACE2 en las células huésped, lo que contribuye a la alta tasa de contagio del virus.
¿Cómo se logra la fusión entre la envoltura del virus y la membrana de la célula huésped?
-La fusión se logra mediante un proceso que involucra el dominio S1 para el reconocimiento del receptor, seguido por cambios estructurales que activan el dominio S2 para facilitar la fusión de membranas.
¿Qué implicaciones tienen las mutaciones en la proteína spike del SARS-CoV-2?
-Las mutaciones en la proteína spike pueden afectar la capacidad infecciosa del virus y su respuesta a tratamientos, aumentando su tasa de contagio y potencialmente su virulencia.