Enzymologie - l'essentiel de ce qu'il faut en savoir

biostatistique
10 Mar 201807:46

Summary

TLDRCe script introduit les enzymes, des protéines agissant comme catalyseurs dans les réactions chimiques, et explique leur rôle crucial dans les processus métaboliques. Il détaille leur spécificité, leur structure tridimensionnelle et leur capacité à abaisser l'énergie d'activation, augmentant ainsi la vitesse des réactions. L'importance de conditions optimales telles que le pH et la température est soulignée, ainsi que la modulation de l'activité enzymatique par des inhibiteurs ou des activateurs. L'script mentionne également les applications industrielles des enzymes, comme dans la brasserie ou la production de biocarburants.

Takeaways

  • 🧬 Les enzymes sont des protéines qui agissent comme des catalyseurs dans les réactions chimiques, transformant un substrat en produit de la réaction.
  • 🔄 Elles sont régénérées après la réaction, ne modifiant pas l'équilibre chimique entre substrat et produit.
  • 🚀 Elles augmentent la vitesse de réaction en abaissant l'énergie d'activation, potentiellement de plusieurs millions de fois.
  • 🔍 Les enzymes sont caractérisées par une grande spécificité, due à leur structure tridimensionnelle, qui leur permet de catalyser environ 5000 réactions chimiques différentes.
  • 🕳️ Le site actif de l'enzyme, incluant le site de fixation et le site catalytique, est crucial pour la reconnaissance et la transformation du substrat.
  • 🔄 Les réactions enzymatiques se produisent généralement à un pH de 7 et à la température de 37°C, ce qui est considéré comme les conditions optimales pour l'efficacité catalytique.
  • 📉 L'efficacité des enzymes est réduite lorsque les conditions expérimentales s'éloignent de la température ou du pH optimal.
  • 📈 La cinétique enzymatique peut être résumée en trois étapes : fixation du substrat, formation d'un complexe intermédiaire, et libération du produit avec la régénération de l'enzyme.
  • 📚 L'équation de Michaelis-Menten décrit la vitesse de la réaction enzymatique en fonction de la concentration du substrat et permet de déterminer les paramètres vmax et Km.
  • 🔄 Vmax représente la vitesse maximale de réaction, atteinte lorsque toutes les enzymes sont saturées de substrat.
  • 🔗 Km est la constante de Michaelis, qui est le rapport de la concentration du substrat à la demi-vitesse maximale.
  • 🔧 L'activité enzymatique peut être modulée par des inhibiteurs ou des activateurs, qui peuvent soit réduire soit accélérer la réaction.

Q & A

  • Quels sont les enzymes et quel est leur rôle dans les réactions chimiques?

    -Les enzymes sont des protéines qui agissent comme des catalyseurs dans des réactions chimiques, transformant une molécule appelée substrat en une autre appelée produit de la réaction. Elles sont régénérées après la réaction et ne modifient pas l'équilibre chimique entre substrat et produit.

  • Comment les enzymes augmentent-elles la vitesse des réactions chimiques?

    -Les enzymes abaissent l'énergie d'activation de la réaction chimique qu'elles catalysent, ce qui accroît considérablement la vitesse de la réaction, de l'ordre de plusieurs millions de fois.

  • Quelle est la spécificité des enzymes et comment elle est-elle liée à leur structure tridimensionnelle?

    -La spécificité des enzymes est très grande et découle de leur structure tridimensionnelle, leur sélectivité et leur efficacité, leur permettant de catalyser environ 5000 réactions chimiques différentes.

  • Qu'est-ce qu'un site actif d'une enzyme et comment cela fonctionne?

    -Le site actif est une cavité dans la structure de l'enzyme où se produit la réaction catalytique. Il est subdivisé en un site de fixation et un site catalytique, où des acides aminés spécifiques interagissent avec le substrat pour le lier à l'enzyme.

  • Quels sont les ajustements induits et le tas de transition dans le contexte de l'enzyme?

    -Les ajustements induits sont des modifications locales de la structure tridimensionnelle de l'enzyme après la liaison avec le substrat, contribuant à baisser la barrière énergétique. Le tas de transition est l'état intermédiaire de la réaction où l'énergie d'activation est abaissée.

  • Quelle est la température et le pH optimaux pour les enzymes humaines?

    -La température optimale pour les enzymes humaines est de 37 degrés Celsius et le pH optimal est de 7, où leur efficacité catalytique est la plus forte.

  • Comment les conditions expérimentales peuvent-elles affecter l'efficacité des enzymes?

    -L'efficacité catalytique d'une enzyme est fortement réduite lorsque les conditions expérimentales s'éloignent de sa température ou son pH optimal.

  • Quel est le modèle de Michaelis-Menten et comment il est utilisé pour décrire la catalyse enzymatique?

    -Le modèle de Michaelis-Menten décrit la catalyse enzymatique en trois étapes: fixation du substrat sur l'enzyme libre, formation d'un complexe intermédiaire, et libération du produit et de l'enzyme après la réaction. Il permet de calculer les constantes de vitesse et d'association.

  • Quels sont les paramètres cinétiques importants caractéristiques de l'enzyme mentionnés dans le script?

    -Les paramètres cinétiques importants caractéristiques de l'enzyme sont la vitesse maximale (Vmax) et la constante de Michaelis (Km), qui sont obtenus à partir de l'équation de Michaelis-Menten.

  • Quels sont les inhibiteurs enzymatiques et comment ils fonctionnent-ils?

    -Les inhibiteurs enzymatiques sont des molécules qui diminuent l'activité d'une enzyme. Ils peuvent être compétitifs, comme le suggère le script, et entrer en compétition avec le substrat pour se fixer sur l'enzyme.

  • Quels sont les domaines d'application des enzymes en dehors de la biologie?

    -Les enzymes sont couramment utilisées dans l'industrie, notamment dans la production de bi carburants avec les lina's, ou dans la fabrication de la bière avec les protéases.

Outlines

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🧬 Les enzymes : Catalyseurs spécifiques du métabolisme

Le premier paragraphe introduit le sujet des enzymes, des protéines qui agissent comme des catalyseurs dans les réactions chimiques du métabolisme. Elles permettent de transformer un substrat en produit sans être modifiées et sont régénérées après la réaction. Les enzymes sont caractérisées par leur grande spécificité, due à leur structure tridimensionnelle, et peuvent catalyser environ 5000 réactions différentes. Leur activité est optimisée à un pH et une température spécifiques, généralement de 37 degrés chez les humains. Le texte explique également le mécanisme de fixation du substrat sur l'enzyme et la formation du complexe enzymatique, ainsi que l'importance de l'ajustement induit pour la réaction.

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📈 La cinétique enzymatique et ses paramètres

Le deuxième paragraphe se concentre sur la cinétique enzymatique, décrivant l'équation de Michaelis-Menten qui permet de quantifier l'efficacité des enzymes. Il détaille les paramètres clés de la réaction enzymatique, tels que la vitesse maximale (Vmax) et la constante de Michaelis (Km), qui représente la concentration de substrat nécessaire pour atteindre la moitié de la vitesse maximale. Le texte explique également comment l'activité enzymatique peut être modulée par des inhibiteurs ou des activateurs, et mentionne des applications industrielles des enzymes, notamment dans la production de bière et de biocarburants. L'importance de la structure tridimensionnelle de l'enzyme pour sa spécificité et son efficacité est également soulignée.

Mindmap

Keywords

💡Enzymes

Les enzymes sont des protéines qui agissent comme des catalyseurs dans les réactions chimiques, transformant un substrat en un produit de réaction. Elles sont régénérées après la réaction et ne modifient pas l'équilibre chimique entre substrat et produit. Dans le script, elles sont décrites comme étant essentielles pour permettre aux transformations chimiques du métabolisme de se produire à une vitesse suffisamment élevée pour assurer les fonctions cellulaires vitales.

💡Catalyseurs

Les catalyseurs sont des substances qui accélèrent une réaction chimique sans être consommées dans le processus. Les enzymes sont un type de catalyseur spécifique qui agit en abaissant l'énergie d'activation de la réaction chimique qu'elles catalysent, augmentant ainsi considérablement la vitesse de cette réaction, comme indiqué dans le script.

💡Spécificité

La spécificité des enzymes est la capacité d'une enzyme à catalyser une réaction particulière avec un substrat spécifique. Cette propriété découle de la structure tridimensionnelle de l'enzyme, qui permet une reconnaissance précise du substrat. Dans le script, la spécificité est soulignée comme un élément clé de l'efficacité des enzymes.

💡Site actif

Le site actif est une région spécifique de l'enzyme où le substrat s'attache et où la réaction chimique a lieu. Il est subdivisé en site de fixation et site catalytique, et est crucial pour la spécificité et l'efficacité enzymatique, comme mentionné dans le script.

💡Énergie d'activation

L'énergie d'activation est la quantité minimale d'énergie nécessaire pour que une réaction chimique ait lieu. Les enzymes abaissent cette énergie, ce qui facilite la réaction et augmente sa vitesse, comme expliqué dans le script.

💡pH et température optimale

Le pH optimal et la température optimale sont les conditions dans lesquelles une enzyme fonctionne au mieux. Le script mentionne que les enzymes催化 les réactions chimiques à un pH voisin de 7 et à une température de 37 degrés Celsius chez les humains.

💡Kinétique enzymatique

La cinétique enzymatique est l'étude de la vitesse des réactions catalysées par les enzymes et comment cette vitesse est affectée par divers facteurs, comme la concentration du substrat. Le script décrit le processus en trois étapes, illustrant comment la vitesse de la réaction peut être mesurée et comment elle est influencée par les concentrations de substrat et d'enzyme.

💡Constante de Michaelis (Km)

La constante de Michaelis (Km) est une mesure de l'affinité d'une enzyme pour son substrat. Elle est définie comme la concentration du substrat nécessaire pour atteindre la moitié de la vitesse maximale de la réaction. Le script l'utilise pour expliquer comment la vitesse de la réaction enzymatique dépend de la concentration du substrat.

💡Vmax

Vmax est la vitesse maximale d'une réaction enzymatique, atteinte lorsque tous les sites actifs de l'enzyme sont occupés par le substrat. Dans le script, Vmax est mentionné comme un paramètre cinétique important qui est caractéristique de l'enzyme et qui représente la vitesse de la réaction lorsque la concentration du substrat est suffisamment élevée.

💡Inhibiteur enzymatique

Un inhibiteur enzymatique est une molécule qui diminue l'activité d'une enzyme, ce qui peut être utilisé dans de nombreux médicaments ou poisons. Le script mentionne les inhibiteurs comme une façon de moduler l'activité enzymatique.

💡Induits et ajustements

Les ajustements induits se réfèrent à la modification de la structure de l'enzyme après que le substrat s'y lie, ce qui permet une meilleure catalysis. Le script utilise ce terme pour décrire le processus par lequel l'enzyme s'adapte à la forme du substrat pour optimiser la réaction.

Highlights

Les enzymes sont des protéines agissant comme des catalyseurs dans une réaction chimique.

Les enzymes transforment le substrat en produit de réaction sans être modifiées.

Elles abaissent l'énergie d'activation, augmentant la vitesse de réaction de plusieurs millions de fois.

Les enzymes sont caractérisées par une très grande spécificité due à leur structure tridimensionnelle.

Elles catalysent environ 5000 réactions chimiques différentes dans le métabolisme.

La cavité de la réaction catalytique, appelée site actif, est subdivisée en site de fixation et site catalytique.

Seuls quelques acides aminés participent à la fixation et à la catalyse, tandis que d'autres maintiennent la structure de l'enzyme.

Les réactions enzymatiques se produisent à un pH et à une température optimal, chez l'homme 37 degrés.

L'efficacité catalytique des enzymes est réduite lorsque les conditions éloignent de l'optimal.

Les mesures de cinétique enzymatique sont faites en condition de vitesse initiale avec un excès de substrat.

La catalyse enzymatique peut être résumée en trois étapes: fixation du substrat, abaissement de l'énergie d'activation, et libération du produit.

L'équation de Michaelis-Menten décrit la relation entre la vitesse de la réaction et la concentration du substrat.

La vitesse maximale (Vmax) et la constante de Michaelis (Km) sont des paramètres cinétiques importants caractéristiques de l'enzyme.

La constante catalytique (kcat) représente la fréquence à laquelle l'enzyme accomplit l'acte catalytique.

L'activité enzymatique peut être modulée par des inhibiteurs ou des activateurs.

Les inhibiteurs compétitifs entrent en compétition avec le substrat pour se fixer sur l'enzyme.

Les enzymes sont utilisées dans l'industrie, comme les protéases dans la fabrication de la bière ou les lina's dans la production de biocarburants.

La structure tridimensionnelle des enzymes assure une haute spécificité et efficacité dans la transformation du substrat en produit.

Transcripts

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[Musique]

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bonjour je suis léa étudiante en

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sciences si comme moi tu as besoin de

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reprendre de notions de physique de

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chimie ou encore de biologie alors ce

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programme est fait pour toi je vais

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accompagner pascal rigaud les

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enseignants chercheurs à l'université

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paris sud

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pour vous aider à faire une synthèse de

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tout ce qu'il faut savoir en enzymes au

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logis la discipline consacrée à l'étude

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des enzymes

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commençons tout d'abord par rappeler que

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les enzymes sont des protéines agissant

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comme des catalyseurs dans une réaction

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chimique transforme en une molécule

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appelée le substrat en une autre

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molécule appelée le produit de la

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réaction notez que les enzymes sont

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régénérés à l'issue de la réaction

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qu'elles catalysent et qu'elle ne

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modifie pas l'équilibré chimique entre

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substrat et produit une enzyme agit en

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abaissant l'énergie d'activation de la

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réaction chimique qu'elles catalysent ce

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qui a pour effet d'accroître

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considérablement de l'ordre de plusieurs

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millions de fois la vitesse de cette

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réaction

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les enzymes permettent ainsi aux

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transformations chimiques du métabolisme

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de se produire à une vitesse

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suffisamment élevés pour assurer les

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fonctions cellulaires vital les enzymes

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se distingue des autres types de

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catalyseur par leur très grande

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spécificité qui découle de leur

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structure tridimensionnelle leur

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sélectivité et leur efficacité leur

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permettent de catalyser un panel

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d'environ 5000 réactions chimiques

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différentes

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le siège de la réaction catalyser forme

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une cavité dans la structure appelée

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sites actifs qui est subdivise abl en

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dessous site le site de fixation et le

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site catalytiques des acides aminés

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spécifique du site de fixation vont

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interagir avec le substrat naturel pour

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le lier à l'enzyme avec une certaine

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affinité

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cette liaison va alors induire une

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modification local de la structure

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tridimensionnelle de l'enzyme

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contribuera à baisser la barrière

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énergétique et permettant aux acides

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aminés du site catalytique de

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transformer le substrat en produits on

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parle d' ajustements induits et des tas

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de transition seuls quelques acides

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aminés participe à la fixation et à la

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catalyse les autres acides aminés sont

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recrutés dans le maintien du repliement

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tridimensionnelle de l'enzyme les

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réactions catalysée par les enzymes

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s'effectue généralement à un ph voisins

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de 7 et à la température de l'organisme

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étudié qui est de 37 degrés chez les

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humains on parle de ph optimale et de

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température optimale

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l'efficacité catalytique d'une

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in est très fortement réduite lorsque

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les conditions expérimentales s'éloigne

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de sa température optimale ou de son ph

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optimale nous allons nous intéresser

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tout particulièrement aux enzymes

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michael yen qui répondent à des

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hypothèses simplificatrices suggéré par

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l'expérience stipulant notamment que les

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mesures de cinétique sont faites en

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condition de vitesse initiale et que la

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concentration en substrat et en large

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excès par rapport à celles de l'asie au

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cours de la réaction catalyser les

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réactifs sont en solutions avec l'enzyme

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dans le cas d'une enzyme mikaelian nous

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pouvons résumer la catalyse enzymatique

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de façon très schématique en trois

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étapes

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dans une première étape le substrat se

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fixe sur l'enzyme libre conduisant à la

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formation du complexe enzymes substrat

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es non covalents appelé complexe de

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michael x menten le plu s donne es de

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façon réversible

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le complexe intermédiaire va alors dans

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une deuxième étape permettent

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l'abaissement de l'énergie d'activation

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la dernière étape conduit à la

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libération du produit paix de la

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réaction et à la régénération de

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l'enzyme eux à partir du complexe us ces

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étapes sont réversibles et lorsque nous

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considérons les constantes

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d'associations et de dissociation de

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toutes ces molécules entre elles nous

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obtenons finalement le système suivant

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le plu s de s

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avec les deux constantes de vitesse

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careca moisins e s donne peu plus paix

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avec les deux constantes de vitesse qu'à

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2 et qu'à moins deux cars constante

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d'associations de pluess cac -1

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constante de dissociation du complexe us

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k2 constante de vitesse de la réaction

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de es en russe p et k - deux constantes

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d'associations 2e plus paix par

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définition la vitesse de la réaction et

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la variation de la concentration des

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produits en fonction du temps v est

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égale adp sur d'été la vitesse initiale

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que l'on notera vais y est obtenu sur la

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cinétique rendant compte de l'apparition

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du produit en fonction du temps c'est la

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tangente de la cour beau tenter égal

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zéro c'est à dire lorsque la cinétique

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démarre dans l'hypothèse de l'état

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stationnaire de la concentration du

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complexe es vais y est égal à k2 es ce

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qui permet d'aboutir à l'équation de

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brix alden

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v y est égal avec max s / quand même

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plus est ce cette équation définit la

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courbe de saturation qui est une branche

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d'hyperboles d'assam toth vmax elle met

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en valeur deux paramètres cinétique

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importants qui sont caractéristiques de

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l'enzyme la vitesse maximale vmax et le

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paramètre cas m ap les constantes de

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michaelis vmax égale qu'à 2 0 est

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obtenue lorsque es est égal à 2 0 c'est

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à dire lorsque toutes les molécules

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d'enzymes sont mobilisés fixant chacune

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une molécule de substrats avant de le

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transformer en produit dans les

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conditions de vitesse initiale et d'

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état stationnaire

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la constante de michaelis cas m et le

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rapport qu'a -1 plus qu'à 2 sûr car et

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peut-être approximer par la constante de

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dissociation apparente du substrat pour

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l'enzyme en conséquence on peut écrire

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qu'à m est égal à concentration 2e x

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concentration de s sur la concentration

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de s notons que lorsque la concentration

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du substrat est égal à klm la vitesse

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atteinte est alors égale à v max sur

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deux vous l'aurez compris il ne faut

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surtout pas confondre la représentation

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d'une cinétique enzymatique portant

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l'apparition du produit en fonction du

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temps avec la courbe de saturation qui

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exprime pays en fonction de la

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concentration initiale de substrats k2

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est une constante de vitesse du premier

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ordre dont l'unité est en seconde - 1

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il s'agit la fréquence à laquelle

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l'enzyme accompli l'acte catalytiques

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elle est appelée constante catalytiques

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et souvent noté qu'à cats on emploie

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également le terme turnover l'unité

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d'activité andy matic et le catal c'est

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la quantité d'enzymes qui catalyse la

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transformation d'une molle de substrats

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par seconde

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l'activité d'une enzyme peut être

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modulée par d'autres molécules un

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inhibiteur est une molécule qui diminue

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l'activité d'une enzyme tandis qu un

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activateur l'accélère de nombreux

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médicaments mais aussi des poisons sont

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des inhibiteurs enzymatique notons enfin

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que les enzymes sont couramment utilisés

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dans l'industrie nous pouvons évoquer

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par exemple les protéases aider à millas

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qui participent à la fabrication de la

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bière

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ou encore les lina's qui sont employés

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dans la production de biocarburants

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retenons l'essentiel les propriétés

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catalytique exceptionnel d'une enzyme

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sont liées à sa structure

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tridimensionnelle assurant une très

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haute spécificité de reconnaissance du

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substrat qui va être efficacement

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transformer en produit grâce à

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l'abaissement de l'énergie d'activation

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de la réaction dans les conditions de

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vitesse initiale de concentration

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saturante en substrat et d' état

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stationnaire

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nous pouvons établir l'équation de

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vitesse initiale dans laquelle

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apparaissent deux paramètres cinétique

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caractéristiques de l'enzyme vmax la

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vitesse maximale de réaction et caem la

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constante de dissociation apparente du

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substrat pour l'enzyme

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enfin la catalyse enzymatique peut être

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modulée par un activateur molécules

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accélérant la réaction ou bien par un

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inhibiteur molécules réduisant

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l'activité parmi lesquels on peut citer

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les inhibiteurs compétitif qui comme

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leurs noms l'indiquent entre en

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compétition avec le substrat pour se

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fixer sur l'enzyme

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