iCn3D Viewer Tutorial, Part 1
Summary
TLDREl video ofrece una introducción a Icing 3D, una herramienta que permite trabajar con diferentes tipos de datos moleculares. Se describen las opciones del menú 'Archivo', donde se pueden recuperar datos de diversas fuentes como NCPI, MyCSB y OPM, además de cargar archivos locales. En el menú 'Análisis', se muestra cómo visualizar secuencias, diagramas 2D y seleccionar partes de la estructura molecular. El menú 'Seleccionar' permite elegir átomos o cadenas específicas y se destaca cómo la selección afecta la visualización en 1D, 2D y 3D. El menú 'Ver' permite enfocarse solo en la selección hecha, mientras que el menú 'Estilo' permite elegir diferentes representaciones de la proteína o molécula. El menú 'Color' ofrece opciones para colorear según la estructura secundaria, carga o hidrofobicidad. Finalmente, se explica cómo guardar una vista personalizada, crear una galería combinando múltiples archivos HTML y compartir la visualización a través de un enlace corto.
Takeaways
- 📂 El menú de archivo en IC3D permite acceder a diferentes fuentes de datos y recuperar información mediante identificadores específicos.
- 📈 El menú de análisis ofrece múltiples opciones para visualizar secuencias, diagramas 2D y conjuntos definidos de una estructura.
- 🔍 En el menú de selección, es posible elegir una parte específica de la estructura para que las acciones posteriores se apliquen solo a esa selección.
- 🎨 El menú de estilo permite elegir la representación visual de la proteína o el compuesto, como mostrador la secuencia, las esferas o la superficie molecular.
- 🖌 En el menú de color, se pueden aplicar colores según la estructura secundaria, la carga, la hidrofobicidad o aplicar un color único a todo.
- 📑 Al guardar una vista personalizada, se pueden guardar como archivos PNG e HTML, lo que permite compartir y visualizar la vista personalizada.
- 🔗 Se pueden compartir vistas personalizadas a través de enlaces cortos, facilitando la colaboración y el intercambio de información.
- 📝 Se pueden agregar títulos y notas a las vistas personalizadas, lo que ayuda a identificar y documentar la información mostrada.
- 🖥 El menú de visualización permite mostrar solo la selección o la estructura completa según sea necesario.
- 🔄 La opción de reproducir cada paso muestra el proceso desde el inicio hasta la vista final, lo que es útil para la presentación y la comprensión del análisis.
- 📁 Los archivos locales como PDB, MSF, SDF y otros pueden ser cargados en IC3D para su análisis y visualización.
Q & A
¿Qué es Icing 3D y qué partes tiene la presentación?
-Icing 3D es una herramienta para trabajar con datos biomoleculares y la presentación se divide en dos partes. La primera parte cubre los menús y opciones disponibles en la herramienta.
¿Cuáles son las diferentes fuentes de datos que se pueden utilizar en el menú de archivo de Icing 3D?
-Las fuentes de datos incluyen NCPI, MyCSB, OPM y también se pueden cargar archivos locales como PDB, MSF, SDF e imágenes PNG.
¿Qué opciones de visualización se ofrecen en el menú de análisis de Icing 3D?
-El menú de análisis ofrece opciones para mostrar secuencias, diagramas 2D y definir conjuntos. También permite seleccionar subconjuntos de la estructura para el análisis.
¿Cómo se realiza una selección en la estructura 3D en Icing 3D?
-Para seleccionar una parte de la estructura 3D, se hace clic en el botón Alt y luego se hace clic en la parte deseada. Esta selección también se refleja en el diagrama 2D y la secuencia 1D.
¿Qué sucede cuando se hace una selección en Icing 3D?
-Una vez que se realiza una selección, el estilo y el color del menú cambian a naranja, lo que indica que todas las acciones subsiguientes se aplicarán solo a la selección.
¿Cómo se puede visualizar solo la selección hecha en Icing 3D?
-Para visualizar solo la selección, se puede ir al menú Ver y seleccionar la opción 'Only Selection', lo que mostrará la selección en 3D, resaltará en 1D y también se mostrará en el diagrama 2D.
¿Qué estilos de visualización están disponibles en el menú de estilo de Icing 3D?
-Los estilos disponibles incluyen Ribbon, Schematic, Sticks, C averages, Molecular Surface y Electron Density Map (EM map).
¿Cómo se pueden aplicar colores personalizados a una selección en Icing 3D?
-En el menú de color, se pueden elegir opciones como colorear por estructura secundaria, carga, hidrofobicidad o aplicar un color único a todo. El color seleccionado se aplicará solo a la selección actual.
¿Cómo se pueden guardar y compartir las vistas personalizadas en Icing 3D?
-Para guardar una vista personalizada, se puede ir a 'Save File' y se guardarán dos archivos: una imagen PNG y un archivo HTML con un enlace a la imagen. Estos archivos se pueden compartir a través de un URL corto proporcionado por la herramienta.
¿Qué es la función 'Replay Each Steps' en Icing 3D?
-La función 'Replay Each Steps' permite mostrar paso a paso, desde el inicio hasta el final de la vista personalizada, facilitando la comprensión del proceso de análisis.
¿Cómo se pueden concatenar varios archivos HTML para crear una galería personalizada en Icing 3D?
-Se pueden abrir los archivos HTML en un editor de texto y concatenarlos para crear una galería personalizada. Esta galería se puede visualizar en Icing 3D al abrir los archivos correspondientes.
¿Qué es un URL corto y cómo se utiliza en el contexto de compartir datos en Icing 3D?
-Un URL corto es una versión abreviada de una dirección web que se utiliza para compartir contenido de manera más conveniente. En Icing 3D, los datos y las vistas personalizadas se guardan en un URL corto para que puedan compartirse fácilmente con colegas.
Outlines
📚 Introducción a Icing 3D: Menús y Funcionalidades
Jiawang presenta Icing 3D, una herramienta con múltiples menús y opciones. El menú de archivo permite acceder a diferentes fuentes de datos como NCPI, MyCSB y OPM, utilizando identificadores específicos. Además, se pueden cargar archivos locales en varios formatos. El menú de análisis ofrece visualizaciones de secuencias, diagramas 2D y conjuntos definidos. La selección de átomos o cadenas en la estructura 3D se refleja en las vistas 1D y 2D correspondientes. Una vez realizada la selección, los cambios en el menú de estilo y color se aplican solo a la selección. El menú de vista permite mostrar solo la selección y el menú de estilo permite elegir diferentes representaciones de la proteína o molécula, como el esquema de banda o la superficie molecular.
🖼️ Personalización y Compartir Vistas en Icing 3D
Se discute cómo personalizar y compartir vistas en Icing 3D. El usuario puede guardar una vista personalizada y exportarla como una imagen PNG o un archivo HTML, lo que permite crear una galería combinando múltiples archivos HTML. Además, se puede compartir una URL corta que contiene la visualización personalizada. La función de reproducir cada paso muestra el proceso desde el inicio hasta la vista final, facilitando la comprensión del análisis y la presentación de los resultados.
Mindmap
Keywords
💡Icing 3D
💡Archivos de datos
💡Menú de archivo
💡Análisis de secuencias
💡Diagrama 2D
💡Selección en 3D
💡Menú de vista
💡Estilo de visualización
💡Colores y menú de color
💡Guardar vista personalizada
💡Compartir enlaces
💡Replay de pasos
Highlights
IC3D has a file menu with options to retrieve data from various sources like NCPI, MyCSB, OPM, and load local files.
The analysis menu provides options to show sequence, 2D diagram, and defined sets for a structure.
Users can select a subset of the structure using the select menu and the 3D view.
Selections in 3D will also be reflected in the 2D diagram and 1D sequence.
After making a selection, the style and color menu options become orange, indicating that subsequent actions will apply only to the selection.
The view menu allows users to display only the selected part of the structure in 3D, 1D, and 2D.
In the style menu, users can choose the representation style for proteins, situations, chemicals, ions, waters etc.
Different display options are available like ribbon, schematic, sticks, CA averages, molecular surface, electron density map.
The color menu provides options to color by secondary structure, charge, hydrophobicity or apply a uniform color.
Custom displays can be saved with a title and notes, which will be reflected in the window title for easy identification.
Users can save their custom views as ICM 3D files, PNG images, and HTML files for easy sharing.
The HTML file contains a link to the PNG image, allowing users to quickly display their custom view.
Multiple HTML files can be concatenated in a text editor to create a custom gallery.
The PNG image can be loaded into IC3D for further optimization.
Users can share their custom display with colleagues using a short URL generated by IC3D.
The file share link saves the custom display in a lifelong short URL for easy sharing.
IC3D also provides a replay feature to show the step-by-step process from the initial to the final view.
Transcripts
hello my name is jiawang
today i'm going to talk about icing 3d
there will be two parts
this is the first part the slide is in
the
video description
ic3d has a few menus
the first menu is the file menu it shows
different data source
if you click the retrieve by id
there are data from ncpi
you can define mndbid
data from mycsb you can use the mntfid
or pdb id there are also data from opm
you can use a pmid
you can also load the local files
pdb files msf files
sdf files and you can load icm 3d
png image or load the state
file as well
in the analysis menu it
has many options to show
sequence you click sequence and the
annotations
show the 1d sequence if you click
2d diagram it shows 2d diagram
and you can also show the defined sets
by default all atoms are shown
and you can select a subset of the
structure go to select menu
and select on 3d
if you click the alt button
and click you can select residue
by default or you can
change to select a chain
and when you select something on 3d
it will show up on the set as well
and show up in the 2d diagram it will
show up
in 1d or if you select in 3d
in 1d sequence the selection will show
up in
2d and 3d as well
after the selection the toggle
shows selection and the color becomes
orange
and the style and the color menu also
become orange
that means all your actions
after your selection will apply only on
the selection
so if you click the view menu the first
one is the only selection
and it will display only your selection
in 3d
and highlight the in 1d and they also
only show your structure in 2d and your
selection
will show up in the defined sets as well
if you click the toggle it will
show the full structure
in the style menu you need to select
whether it's a protein
or the situation of the protein or
or chemicals irons waters then select
the
style by default ribbon you can change
the schematic
by showing the rest name and
show sticks and show the
c averages
and you can also show the
molecular surface or show the electron
density map or em map
and remember since this is the color in
orange that means you have a selection
and your
all your app your actions will only
apply to your selection
in the color menu
there are different options you can
color by
secondary structure color by charge
by hydrophobicity or you can apply a one
a unicolor to everything
and the color will apply only to your
selection
if you have no selection it will be all
the items
and once you have a custom display
you can add a title
at the notes for your custom view and
your notes and with the notes the note
will also show up
as the window tight hole so if you have
multiple tabs
open you can easily tell from the
window title which one
is which
so if you have a custom view you want to
save you can go to save file
icm 3d png image
and these will save two files one is the
png image
the other one is the html file
which has a link to the
it's shown here which has a link to the
image
so you can just click it and the this
your custom view will be displayed
and if you have multiple
uh this html file you can concatenate in
a text editor
then you can generate your own
gallery and this png image
can be loaded into as in 3d if you go to
open file
optimizing 3d image
and furthermore you can click
file share link and all your data your
custom
display will be
saved in a short url this is a lifelong
short url and you can
share it with your colleagues
and there's also another option it's
called replay each steps
so if you click that
then it will show step by step
from the start of your
view and to the end or your to your
final view
okay that's for the first part
you
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